คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้รับการริเริ่มขึ้นครั้งแรก เมื่อปีพุทธศักราช 2531 ในนาม ภาควิชาพื้นฐาน วิทยาลัยอุบลราชธานี สังกัดมหาวิทยาลัยขอนแก่น ต่อมาในปีพุทธศักราช 2533 วิทยาลัยอุบลราชธานีได้รับการสถาปนาเป็นมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ตามประกาศพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 ดังนั้น จึงถือว่า วันที่ 30 กรกฎาคม ของทุกปี เป็นวันสถาปนามาหาวิทยาลัย และภาควิชาพื้นฐานจึงเปลี่ยนชื่อเป็น "คณะวิทยาศาสตร์" นับตั้งแต่วันดังกล่าว