แต่เดิมคณะวิทยาศาสตร์ถือเป็นกลุ่มหมวดวิชาในภาควิชาศึกษาทั่วไป คณะธุรกิจการเกษตร ในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 7 (พ.ศ. 2535 – พ.ศ. 2539) ได้กำหนดนโยบายด้านการผลิตและพัฒนากำลังคนในสาขาวิชาที่ขาดแคลนโดย เฉพาะด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีเพื่อ สนองนโยบายดังกล่าว มหาวิทยาลัยแม่โจ้จึงได้ยกฐานะงานเดิมจากหมวดวิทยาศาสตร์ รวมกับหมวดคณิตศาสตร์และสถิติ ภาควิชาศึกษาทั่วไปคณะธุรกิจการเกษตรจังตั้งขึ้นเป็นคณะวิทยาศาสตร์ และในระยะเริ่มต้นคณะกรรมการทบวงมหาวิทยาลัย ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์โดยแบ่งส่วนราชการให้มีสำนักงานเลขานุการเพียงหน่วยงานเดียวส่วนภาควิชาต่าง ๆ ยังไม่อนุมัติให้มีการแบ่งส่วนราชการ เนื่องจากเป็นระยะเริ่มต้นของการจัดตั้งคณะ ฯ โดยมีการพัฒนาเป็นลำดับดังนี้

• พ.ศ. 2536 จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่โจ้
• พ.ศ. 2538 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบันฑิต (วท.บ.) หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์
• พ.ศ. 2539 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาเทคโนโลยีชีวภาพ
• พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาเคมี
• พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาสถิติ
• พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ
• พ.ศ. 2548 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวัสดุศาสตร์
• พ.ศ. 2549 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วท.ม.) สาขาวิชาเคมีประยุกต์ (M.Sc. Applied chemistry)
• พ.ศ. 2554 เปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (ปร.ด.) สาขาวิชาเคมีประยุกต์ (Ph.D. Applied chemistry)
• พ.ศ. 2555 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาเคมีอุตสาหกรรมและเทคโนโลยีสิ่งทอ
• พ.ศ. 2555 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วท.ม.) สาขาเคมีวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีนาโน (M.Sc. Nanoscience and Technology)[1]