เนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงครองสิริราชสมบัติ เป็นปีที่ 50 กอปรกับเพื่อเป็นการสนองนโยบายของรัฐบาลในการขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาคของประเทศในช่วงแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7 ( 2535-3539 ) และฉบับที่ 8 ( 2540-2544 ) มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ร่วมกับทบวงมหาวิทยาลัยและหน่วยงานภาครัฐบาลและเอกชน ภายในจังหวัดสกลนคร จัดทำโครงการจัดตั้ง “ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร ” ขึ้นเป็นวิทยาเขตสารสนเทศ [1]

คณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร ได้รับการจัดตั้งให้เป็นคณะอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน 2543 ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง จัดตั้งคณะ สำนัก และสำนักงานวิทยาเขต ที่จังหวัดสกลนคร ลงวันที่ 23 พฤษภาคม 2543 (รุ่น KU60) และได้เริ่มดำเนินการเรียนการสอนใน 3 หลักสูตร วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต ประกอบด้วย 1) สาขาวิศวกรรมเครื่องกล 2) สาขาวิศวกรรมไฟฟ้า และ 3) สาขาวิศวกรรมโยธา ตั้งแต่ภาคต้นปีการศึกษา 2543 ซึ่งหลักสูตรดังกล่าวได้นำเอาหลักสูตรจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน มาใช้ทำการเรียนการสอนต่อมาคณะ ได้สร้างและพัฒนาหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิตขึ้นใหม่เพื่อทดแทนหลักสูตรเดิม ประกอบด้วย 1) สาขาวิศวกรรมเครื่องกลและการผลิต 2) สาขาวิศวกรรมไฟฟ้าและคอมพิวเตอร์ และ 3) สาขาวิศวกรรมโยธาและสิ่งแวดล้อม โดยเริ่มนำมาใช้ในปีการศึกษา 2546 การจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ เป็น 1 ใน 3 คณะที่ได้จัดตั้งตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน2543 [2]

ในปีการศึกษา 2547 คณะได้เปิดหลักสูตรการเรียนการสอนเพิ่มอีก 1 หลักสูตร โดยได้ทำการขอใช้หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ จากคณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน และในปีการศึกษา 2553 ก็ได้เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเคมีประยุกต์ตามลำดับ