คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ก่อตั้งขึ้นเป็นคณะที่ 3 ในวิทยาเขตปัตตานี โดยโอนภาควิชาวิทยาศาสตร์ และภาควิชาคหกรรมศาสตร์ จากคณะศึกษาศาสตร์ มาสังกัดคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และภาควิชาที่โอนมาสังกัดคณะใหม่ ได้เปลี่ยนชื่อภาควิชาวิทยาศาสตร์ทั่วไป เป็นภาควิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ โดยเปิดสอนนักศึกษารุ่นแรกของคณะ ในปีการศึกษา 2528 สาขาเทคโนโลยีการยาง จำนวน 11 คน นอกจากนี้คณะฯ ยังรับผิดชอบในการสอนนักศึกษาของคณะศึกษาศาสตร์ คือ ศษ.บ. (คหกรรมศาสตร์), วท.บ(ศึกษาศาสตร์) โปรแกรมวิชาเอกสาขาคณิตศาสตร์ เคมี ชีววิทยา ฟิสิกส์ วิทยาศาสตร์ทั่วไป วิชาโทสาขาต่าง ๆ และหมวดวิชาศึกษาทั่วไป (กลุ่มวิชาคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์) ให้ทุกคณะในวิทยาเขตปัตตานีหลังจากการจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2528 จนถึงปัจจุบันได้พัฒนาการเปิดสาขาต่าง ๆ ตามลำดับดังนี้