คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน ถือกำเนิดร่วมกับคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) จากโรงเรียนช่างชลประทาน กรมชลประทาน ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2481 โดยท่านหม่อมหลวงชูชาติ กำภู จนถึงปี พ.ศ. 2494 ได้สบทบเข้าเป็นเครือของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และเปลี่ยนเป็นคณะวิศวกรรมชลประทาน ในปี พ.ศ. 2497 จนกลายเป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2509 ต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ได้ย้ายภาควิชาวิศวกรรมเกษตร และภาควิชาวิศวกรรมชลประทาน จากบางเขนมาดำเนินการจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตกำแพงแสน ซึ่งถือว่าเป็นจุดเริ่มต้นของคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จนกระทั่ง เมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2546 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้อนุมัติให้แยกการบริหารคณะวิศวกรรมศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน ออกจากคณะวิศวกรรมศาสตร์ (บางเขน) และได้สถาปนาเป็น "คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน" อย่างเป็นทางการ จึงถือได้ว่าคณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสน เป็นคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยสมบูรณ์