คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ จัดตั้งขึ้นตามกฎกระทรวง เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549[1] ตามนโยบายการเป็นมหาวิทยาลัยที่จัดการศึกษาด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี วิทยาศาสตร์สุขภาพและสังคมศาสตร์ที่ได้มาตรฐานสากล บนพื้นฐานของงานวิจัย ให้บริการวิชาการและวิชาชีพต่อชุมชน โดยให้โอกาสทางการศึกษาและความหลากหลายทางด้านศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม เพื่อผลิตบุคลากรในการรองรับการเจริญเติบโตของภาคอุตสาหกรรมใน ภาคใต้ ให้สอดคล้องกับเป็นสถาบันอุดมศึกษาสมบูรณ์แบบ