คณะวิศวกรรมศาสตร์ ถือกำเนิดมาจาก โรงเรียนช่างชลประทาน สังกัดกรมชลประทาน กระทรวงเกษตราธิการ ซึ่งได้ก่อตั้งเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2481 โดยระยะแรกเป็นหลักสูตรประกาศนียบัตรช่างชลประทาน และมีประวัติความเป็นมายาวนานก่อนจะได้รับการจัดตั้งให้เป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ อย่างเป็นทางการและได้มีการพัฒนาการต่าง ๆ เรื่อยมา ดังนี้[1]

• พ.ศ. 2481 หม่อมหลวงชูชาติ กำภู ได้จัดตั้งโรงเรียนช่างชลประทาน สังกัดกรมชลประทาน (สามเสน) กระทรวงเกษตราธิการ เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2481 โดยเปิดทำการเรียนการสอนหลักสูตรประกาศนียบัตรช่างชลประทาน (2 ปี) เพื่อผลิตช่างชลประทานให้เป็นกำลังสำคัญของกรมชลประทาน สำหรับการสำรวจ การออกแบบ การก่อสร้าง การบริหารงานก่อสร้างและบำรุงรักษาโครงการชลประทาน
• พ.ศ. 2494 เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนการชลประทาน” สมทบเข้าเป็นเครือของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2497 จัดตั้ง “คณะวิศวกรรมชลประทาน” ในเครือของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2498 ย้ายคณะฯ จากกรมชลประทาน สามเสน ไปที่กรมชลประทาน ปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี
• พ.ศ. 2509 คณะวิศวกรรมชลประทานได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น "คณะวิศวกรรมศาสตร์" สังกัดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2509
• พ.ศ. 2513 ย้ายคณะฯ จากกรมชลประทาน ปากเกร็ด มาอยู่ในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขน
• พ.ศ. 2535 รับวิทยาลัยการชลประทานเป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์