คณะสถิติประยุกต์ สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ มีการจัดโครงสร้างองค์กรในการบริหารแบ่งออกเป็น 3 หน่วยงานหลัก[3] ดังต่อไปนี้

1. งานวิชาการ
2. งานบริหาร
3. งานวางแผนและพัฒนา

นอกจากนี้ยังมีสำนักงานเลขานุการ ทำหน้าที่เป็นหน่วยงานใหญ่ในการสนับสนุนการทำงานของคณะสถิติประยกต์ และมีการแบ่งส่วนงานออกเป็น 5 กลุ่มงาน ดังนี้

1. กลุ่มงานบริหารและธุรการ แบ่งออกเป็น 2 งานหลัก

• หน่วยสารบรรณและการเจ้าหน้าที่
• หน่วยอาคารสถานที่และยานพาหนะ

2. กลุ่มงานคลังและพัสดุ แบ่งออกเป็น 2 งานหลัก

• หน่วยการเงินและและบัญชี
• หน่วยพัสดุ

3. กลุ่มงานการศึกษา แบ่งออกเป็น 2 งานหลัก

• หน่วยทะเบียนและประเมินผลการศึกษา
• หน่วยส่งเสริมและพัฒนาทางวิชาการ

4. กลุ่มงานนโยบายและแผน แบ่ง ออกเป็น 2 งานหลัก

• หน่วยจัดทำแผนและอัตรากำลัง
• หน่วยประเมินผลและพัฒนาระบบการบริหาร

5. กลุ่มงานบริการและปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ แบ่งออกเป็น 2 งานหลัก

• หน่วยพัฒนาโปรแกรม
• หน่วยบริการและเทคนิค