พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะสหเวชศาสตร์ แบ่งส่วนราชการเป็น 5 หน่วยงาน ดังนี้

1. ภาควิชาเทคนิคการแพทย์
2. ภาควิชากายภาพบำบัด
3. ภาควิชาวิทยาศาสตร์การกีฬาและการพัฒนากีฬา
4. ภาควิชารังสีเทคนิค

เพื่อให้การดำเนินงานเกิดความคล่องตัวมากขึ้น ในปี พ.ศ. 2544 คณะสหเวชศาสตร์จึงกำหนดให้แบ่งส่วนราชการเป็นการภายในเพิ่มอีก 1 หน่วยงาน ได้แก่ โครงการบัณฑิตศึกษาสาขาชีวเวชศาสตร์ และแต่งตั้งให้ศาสตราจารย์ ดร. เกศรา ณ บางช้าง เป็นผู้อำนวยการ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2545 ที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ครั้งที่ 11/2545 เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2545 มีมติเห็นชอบให้คณะสหเวชศาสตร์จัดตั้ง ”ศูนย์วิจัยและบริการวิชาการทางสหเวชศาสตร์” และแต่งตั้งให้ ศาสตราจารย์ ดร. วิฑูรย์ ไวยนันท์ เป็นผู้อำนวยการ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นหน่วยงานส่งเสริมและพัฒนางานวิจัย ให้บริการวิชาการแก่สังคม และพัฒนาความรู้และประสบการณ์ให้แก่อาจารย์และนักศึกษา โดยแบ่งเป็น 4 หน่วยงานย่อย ดังนี้

1. หน่วยวิจัยและบริการวิชาการเภสัชวิทยาโรคติดเชื้อ
2. หน่วยวิจัยและบริการวิชาการตรวจวินิจฉัยและป้องกันโรคติดเชื้อ
3. หน่วยวิจัยและบริการวิชาการวิทยาศาสตร์สุขภาพและสิ่งแวดล้อม
4. หน่วยวิจัยและบริการวิชาการกายภาพบำบัด