คณะสหเวชศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2550 ในชื่อสำนักวิชาสหเวชศาสตร์ ในคราวเดียวกันกับที่สภามหาวิทยาลัยนเรศวร มีมติให้เปลี่ยนชื่อวิทยาเขตสารสนเทศพะเยา เป็นมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ในคราวประชุมสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ครั้งที่ 13 (4/2550) มีอาจารย์ประสิทธิ์ ชนะรัตน์ ดำรงตำแหน่งหัวหน้าสำนักวิชาฯ (1 ตุลาคม 2550 จนถึง 12 กรกฎาคม 2553) โดยให้มีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรี 3 หลักสูตร ได้แก่ 1) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคนิคการแพทย์ 2) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชากายภาพบำบัด และ 3) หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ ซึ่งโอนย้ายมาจากสำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ และเปิดหลักสูตรใหม่อีกหนึ่งหลักสูตร คือ หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา[1]

ต่อมาในวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2551 สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ได้แยกตัวไปจัดตั้งเป็นสำนักวิชาใหม่ คือ สำนักวิชาแพทยศาสตร์ และในราวเดือนเมษายน พ.ศ. 2552 สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา ได้ย้ายไปอยู่ในความดูแลของสำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ เพื่อให้เหมาะสมกับการจัดกลุ่มสาขาวิชามากขึ้น[1]

และเนื่องจากเมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 ได้มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 ขึ้นและประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2553[2] เป็นต้นไปนั้น สภามหาวิทยาลัยพะเยา ในคราวประชุมครั้งที่ 5/2553 เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2553 มีมติให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานวิชาการ ของมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 จึงเป็นผลให้สำนักวิชาสหเวชศาสตร์ เปลี่ยนเป็นคณะสหเวชศาสตร์ ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 เป็นต้นไป[3]