ใน พ.ศ. 2540 มหาวิทยาลัยศิลปากร มีนโยบายในการขยายโอกาสทางการศึกษาไปยังจังหวัดใกล้เคียงกับที่ตั้งมหาวิทยาลัยเดิม (วังท่าพระ กรุงเทพมหานคร และวิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐม) ผู้บริหารในขณะนั้นนำโดย ศาสตราจารย์เกียรติคุณ คุณหญิง ไขศรี ศรีอรุณ จึงพิจารณาหาพื้นที่ตั้งวิทยาเขตใหม่ ได้แก่ จังหวัดสมุทรสาคร อำเภอนครชัยศรี จังหวัดราชบุรี และจังหวัดเพชรบุรี จนในที่สุดเหลือเฉพาะที่จังหวัดราชบุรีและจังหวัดเพชรบุรี ซึ่งได้รับอนุมัติจากคณะรัฐมนตรีให้จัดตั้งวิทยาเขตใหม่ที่จังหวัดราชบุรี และมีแนวทางจัดตั้งคณะวิชาต่าง ๆ รวมทั้ง "คณะอุตสาหกรรมเกษตร" ซึ่งต่อมามหาวิทยาลัยได้จัดสัมมนาผู้เกี่ยวข้องทั้งของจังหวัดราชบุรีและของมหาวิทยาลัยเพื่อทราบความต้องการของท้องถิ่น แต่ผลความต้องการของบุคลากรในพื้นที่ไม่ตรงกับแผนพัฒนาเดิมที่ ทบวงมหาวิทยาลัย ได้อนุมัติไว้ โครงการดังกล่าวจึงชะลอไป จนในที่สุดปี 2542 ศาสตราจารย์ ดร. ตรึงใจ บูรณสมภพ อธิการบดีในขณะนั้น จึงขออนุมัติจากคณะรัฐมนตรีในการย้ายวิทยาเขตใหม่ไปที่ หมู่ที่ 1 หมู่บ้านไร่ใหม่พัฒนา ตำบลสามพระยา อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรี และมีแผนในการจัดตั้ง "คณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร" ขึ้นเป็นคณะแรก เนื่องจากพิจารณาเห็นว่าพื้นที่โดยรอบมีประชากรที่ประกอบอาชีพเกษตรกรรมเป็นหลัก มหาวิทยาลัยจะได้ให้บริการได้โดยตรง จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 1/2544 เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2544 ได้อนุมัติโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร พร้อมทั้งให้ความเห็นชอบในการแต่งตั้ง อาจารย์ ดร. สุภสร ชโยวรรณ เป็นผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร

เมื่อสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้จัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตรตามที่คณะกรรมการเสนอ ต่อมาคณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม (คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม ในปัจจุบัน) ได้ทักท้วงว่าชื่อ "อุตสาหกรรมการเกษตร" ของโครงการฯ จะซ้ำซ้อนกับการสอนของภาควิชาเทคโนโลยีอาหาร คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม ซึ่งสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2544 เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2544 จึงได้อนุมัติให้เปลี่ยนชื่อจากโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร เป็น "โครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร" และอนุมัติหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (สัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร)

ต่อมาเมื่อ อาจารย์ พุฒ วีระประเสริฐ ได้เข้าดำรงตำแหน่งอธิการบดี และได้มอบหมายให้รองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา (อาจารย์ ชัยชาญ ถาวรเวช) เป็นผู้รับผิดชอบการประสานงานกับ กรมธนารักษ์ เพื่อขอพื้นที่ 200 ไร่ จนกระทั่งได้รับอนุญาตให้ใช้พื้นที่ 200 ไร่ เมื่อวันที่ 13 สิงหาคม 2546 ซึ่งบริเวณที่ตั้งอยู่ทางด้านทิศใต้ ห่างจากพื้นที่ทั้งวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ประมาณ 3 กิโลเมตร ทางวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีและคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร ได้เล็งเห็นพื้นที่ดังกล่าวเหมาะสมในการจัดทำเป็นฟาร์มฝึกงานเลี้ยงสัตว์ เพื่อใช้ในฝึกทดลองการเลี้ยงสัตว์และแปลงเกษตรของนักศึกษา การทำงานวิจัยและเป็นแหล่งจัดสัมมนาให้บริการทางวิชาการทางด้านการเกษตรแก่ชุมชน ดังนั้นคณะสัตวศาสตร์ฯ จึงได้ตั้งงบประมาณเพื่อการก่อสร้างฟาร์มปฏิบัติการตั้งแต่ปี 2548 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน

ปัจจุบัน คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร มีการจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานภายใน ดังนี้

1. สำนักงานคณบดี ประกอบด้วย 2 งาน
   1. งานบริหารทั่วไป
   2. งานกิจกรรมพิเศษ
2. ศูนย์ฝึกอบรมและถ่ายทอดเทคโนโลยีการเกษตร

การบริการจัดการของมหาวิทยาลัยศิลปากร วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี เป็นการบริหารจัดการแบบรวมศูนย์ และมีกองงานวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี เป็นหน่วยงานที่ปฏิบัติงานสนับสนุนแก่คณะวิชาต่างๆ ในวิทยาเขต เพื่อให้การดำเนินการของแต่ละคณะวิชาเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและสอดคล้องกับการบริหารจัดการตามนโยบายมหาวิทยาลัยศิลปากร