คณะสัตวแพทยศาสตร์ บริหารงานโดยมีคณะกรรมการประจำคณะ มีคณบดีเป็นผู้นำการบริหาร รองคณบดีฝ่ายบริหารและรองคณบดีฝ่ายกิจการพิเศษ รับผิดชอบตามโครงสร้างองค์กร [lower-alpha 1] จัดแบ่งออกเป็น 1 สำนักงาน และ 4 ภาควิชาและหน่วยงานเทียบเท่าภาควิชา ดังนี้ [4][2]:9-13

• สำนักงานเลขานุการคณะ
• ภาควิชาปรีคลินิกทางสัตวแพทยศาสตร์
• ภาควิชาคลินิกทางสัตวแพทยศาสตร์
• ภาควิชาสัตวแพทย์สาธารณสุขศาสตร์
• โรงพยาบาลสัตว์เพื่อการเรียนการสอน
• สำนักวิจัยและบริการวิชาการทางสัตวแพทย์ [lower-alpha 2]