คณะเกษตร เป็นหนึ่งในสี่คณะแรกในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยการโอนกิจการของกองวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จากกรมเกษตร มาดำเนินการตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2486 เมื่อแรกก่อตั้งมีชื่อว่า "คณะเกษตรศาสตร์" ตามพระราชกฤษฎีกา จัดแบ่งคณะในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พุทธศักราช 2486 โดยแบ่งกิจการออกเป็น 5 แผนก คือ แผนกวิชาเกษตรศาสตร์ แผนกวิชาสัตวบาล แผนกวิชาเคมี แผนกวิชากีฏวิทยาและโรคพืช และแผนกวิชาวิศวกรรมเกษตร[1]

หลังจากการจัดตั้งคณะเกษตรศาสตร์อย่างเป็นทางการ ได้มีการเปิดแผนกชีววิทยาเพิ่มขึ้นอีก 1 แผนก และเปลี่ยนชื่อแผนกเคมีเป็นแผนกฟิสิกส์และเคมี ในวันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2495 ต่อมาในวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2499 คณะเกษตรศาสตร์ได้เริ่มเปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท คือ หลักสูตรปริญญากสิกรรมและสัตวบาลมหาบัณฑิต สาขาวิชาเอกสัตวบาล ซึ่งนับเป็นหลักสูตรแรกของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และได้มีการเปลี่ยนชื่อจาก คณะเกษตรศาสตร์ เป็น "คณะกสิกรรมและสัตวบาล" และเพิ่มแผนกเคหเศรษฐศาสตร์ขึ้นอีก 1 แผนก และได้เปลี่ยนชื่อแผนกฟิสิกส์และเคมีเป็นแผนกเคมีตามเดิม

เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2509 ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดแบ่งคณะในมหาวิทยาลัย ในวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2509 จึงได้เปลี่ยนชื่อคณะกสิกรรมและสัตวบาล เป็น "คณะเกษตร" และแบ่งส่วนราชการใหม่เป็น 8 ภาควิชา ดังนี้

1. ภาควิชากีฏวิทยาและโรคพืช
2. ภาควิชาเกษตรกลวิธาน (เดิมชื่อแผนกวิชาเกษตรวิศวกรรม)
3. ภาควิชาคหกรรมศาสตร์ (เดิมชื่อแผนกวิชาเคหเศรษฐศาสตร์)
4. ภาควิชาพืชศาสตร์ (เดิมชื่อแผนกวิชาเกษตรศาสตร์)
5. ภาควิชาสัตวบาล
6. ภาควิชาวิทยาศาสตร์การอาหาร (เป็นแผนกวิชาใหม่)
7. ภาควิชาเกษตรนิเทศ (เป็นแผนกวิชาใหม่)
8. ภาควิชาปฐพีวิทยา (เป็นแผนกวิชาใหม่)

ต่อมาในวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2518 มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรีเรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2518 ได้แยกภาควิชากีฏวิทยาและโรคพืชเป็นภาควิชากีฏวิทยา และภาควิชาโรคพืช และยุบเลิกภาควิชาพืชศาสตร์ โดยจัดตั้งเป็น 2 ภาควิชาใหม่ คือ ภาควิชาพืชไร่นา กับ ภาควิชาพืชสวน

คณะเกษตรได้เริ่มดำเนินการสอนหลักสูตรปริญญาเอกเป็นครั้งแรก ในปีการศึกษา พ.ศ. 2521 ใน สาขากีฏวิทยา และ สาขาปฐพีวิทยา เป็นต้นมา และต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ได้เริ่มดำเนินกิจกรรม การเรียนการสอนที่วิทยาเขตกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2522 ซึ่งเป็น วันเปิดเรียนภาคปลาย ปีการศึกษา 2521 โดยเริ่มให้นิสิตปริญญาตรีชั้นปีที่ 3 และ 4 หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) ไปเรียนที่วิทยาเขตกำแพงแสน และต่อมาในปีการศึกษา 2528 คณะเกษตรได้มีนโยบายให้นิสิตชั้นปีที่ 1 ของหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) ไปศึกษา ณ วิทยาเขตกำแพงแสน

ในปี พ.ศ. 2523 ได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรีเรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2523 ได้ย้ายภาควิชาวิทยาศาสตร์การอาหาร จากคณะเกษตรไปสังกัดคณะอุตสาหกรรมเกษตร โดยตั้งชื่อใหม่เป็น ภาควิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร ต่อมา พ.ศ. 2527 มีประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2527 ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2527 ได้กำหนดให้มีภาควิชาส่งเสริมและนิเทศศาสตร์เกษตรในคณะเกษตร ดังนั้นคณะเกษตรจึงมีภาควิชาทั้งหมด 9 ภาควิชา มาจนถึงปัจจุบัน

ต่อมาวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2546 มีประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ให้แยกคณะเกษตรเป็น 2 คณะคือ คณะเกษตร และ คณะเกษตร กำแพงแสน