คณะเทคนิคการแพทย์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ก่อตั้งครั้งแรกในปี 2548[2] ในฐานะโครงการจัดตั้งคณะเทคนิคการแพทย์ ตามคำสังมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ที่ 0619/2548 โดยบรรจุหลักสูตรฯ ไว้ในแผนพัฒนามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ฉบับที่ 9 และแต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาเทคนิคการแพทย์ขึ้น ต่อมาในวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 โครงการจัดตั้งคณะเทคนิคการแพทย์ได้แต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำหลักสูตรวิทยาศาสตร์บัณฑิต สาขาวิชาเทคนิคการแพทย์ขึ้นและเสนอต่อสภาวิชาการมหาวิทยาลัย และสภาวิชาการได้รับรองหลักสูตรในวันที่ 11 พฤษภาคม 2550 และยกฐานะเป็น “คณะเทคนิคการแพทย์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์” ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า “Faculty of Medical Technology, Prince of Songkla University”

ต่อมาในวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2550 จึงได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคนิคการแพทย์ ตามคำสั่ง มอ.ที่ 1088/2550 และได้ส่งหลักสูตรให้ สกอ. ในวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2550 เพื่อรับทราบความเห็นชอบ แจ้งสำนักงานกพ.เพื่อรับรองคุณวุฒิและส่งสภาเทคนิคการแพทย์ เมื่องานทุกอย่างเสร็จสิ้นจึงได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา พ.ศ. 2551 เป็นต้นมา