คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้จัดตั้งขึ้นเพื่อตอบสนองแผนพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 4 (พ.ศ. 2523–2525) ตามโครงการพัฒนาการสาธารณสุขของประเทศ คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้ก่อตั้งโดยพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษหน้าที่ 13 เล่ม 92 ตอนที่ 197 ลงวันที่ 22 ธันวาคม พุทธศักราช 2523นับเป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา ผลิตบัณฑิตสาขาวิชาเภสัชศาสตร์ แห่งที่ 5 ของประเทศ ถัดจาก คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล และคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยมีการจัดการเรียนการสอนในสาขาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ซึ่งเป็นหลักสูตร 5 ปี เริ่มรับนักศึกษาระดับปริญญาตรี รุ่นแรกเมื่อปีการศึกษา 2525 ต่อมาเปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ภาคสมทบในปีการศึกษา 2538 และเปิดสอนหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ศึกษาเป็นภาษาอังกฤษ) ในปีการศึกษา 2547 ซึ่งเป็นหลักสูตรแรกของประเทศไทยที่เปิดสอนเป็นภาษาอังกฤษในสาขาเภสัชศาสตร์ และเป็นหลักสูตรแรกในระดับปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยขอนแก่นที่เปิดสอนเป็นภาษาอังกฤษ การเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษาเริ่มเปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก โดยจัดการเรียนการสอนแบบสะสมหน่วยกิต (Module) ในปีการศึกษา 2548 มีการขยายและพัฒนามาอย่างต่อเนื่อง จนปัจจุบันมีการจัดการเรียนการสอนในระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต 1 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 7 หลักสูตร และระดับปริญญาเอก 2 หลักสูตร มีบุคลากรสายผู้สอน จำนวน 80 คน วุฒิการศึกษาระดับปริญญาเอก จำนวน 70 คน คิดเป็นร้อยละ 87.50 และมีตำแหน่งทางวิชาการ รองศาสตราจารย์ : ผู้ช่วยศาสตราจารย์ : อาจารย์ เท่ากับ 29 : 26 : 25 คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น มุ่งมั่นที่จะพัฒนาและดำเนินการเพื่อให้บรรลุภารกิจตามพันธกิจที่ได้รับมอบหมายอย่างมีวิสัยทัศน์ และสอดคล้องกับมหาวิทยาลัยขอนแก่น และนโยบายการพัฒนาประเทศของรัฐบาล