ด้วยศาสตราจารย์ ดร.สุชาติ อุปถัมภ์ (อธิการบดี มหาวิทยาลัยบูราพา ในขณะนั้น) มีความคิดริเริ่ม ที่จะให้มหาวิทยาลัยบูรพามีคณะเภสัชศาสตร์ เพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งให้กับกลุ่มคณะทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพของมหาวิทยาลัยบูรพา โดยมีการแต่งตั้งคณะกรรมการโครงการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ และร่างหลักสูตรเภสัชศาสตร์บัณฑิตขึ้นในวันที่ 24 มิถุนานยน2552 ซึ่งมีรองศาสตราจารย์ ดร. มณฑล สงวนเสริมศรี(อดีต คณบดีคณะเภสัชศาสตร์ และอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร)เป็นประธานกรรมการ และรองศาสตราจารย์ ดร.เรณา พงษ์เรืองพันธุ์ (รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ มหาวิทยาลัยบูรพา)เป็นรองประธานกรรมการ พร้อมด้วยคณาจารย์จากคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร และบุคลากรของมหาวิทยาลัยบูรพาเป็นกรรมการ จากนั้นสภามหาวิทยาลัยบูรพาได้อนุมัติการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์เมื่อวันที่ 25 กันยายน 2552 และประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 26 ตุลาคม 2552 โดยมีหน้าที่จัดการศึกษาระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษาวิจัยและบริการวิชาการด้านเภสัชศาสตร์ มีคณบดีเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุดในช่วงแรกของการก่อตั้ง มหาวิทยาลัยได้มอบให้ ศาสตราจารย์ ดร.สมศักดิ์ พันธุวัฒนา (รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยมหาวิทยาลัยบูรพา) รักษาการในตำแหน่งคณบดีจนกระทั่งวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2553 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.วิบูลย์ วัฒนาธร ดำรงตำแหน่งคณบดีตามมติของสภามหาวิทยาลัย