คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา เปิดการเรียนการสอนเมื่อปี พ.ศ. 2546 ในฐานะ สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ สำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา และได้แยกตัวมาเป็น สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ในปี พ.ศ. 2548

ต่อมาในวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2550 ทางคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยได้ทำการเปลี่ยนชื่อเป็น สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ตั้งแต่ ปีการศึกษา 2550 เป็นต้นไป สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยามีจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ ปี 1 - ปี 6 ณ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ทั้งหมด และต่อมาในวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 ได้ยกฐานะขึ้นเป็น สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 ได้ยกฐานะขึ้นเป็น คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา

และในวันที่ 5 สิงหาคม พ.ศ. 2554ได้มีประกาศจากสภาเภสัชกรรมว่าด้วยการรับรองปริญญา ผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา มีสิทธิ์สมัครเป็นสมาชิกของสภาเภสัชกรรมและรับการสอบวัดความรู้ความสามารถ เป็นผู้ขอขึ้นทะเบียนและรับใบอนุญาตเป็นผู้ประกอบวิชาชีพเภสัชกรรรม