มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒได้บรรจุโครงการการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ไว้เป็นหนึ่งในแผนการพัฒนามหาวิทยาลัย วิทยาเขตองครักษ์ ได้ผ่านการเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรีและทบวงมหาวิทยาลัย โดยลงประกาศในพระราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2539 ซึ่งถือเป็นวันก่อตั้งคณะเภสัชศาสตร์ ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดอาคารคณะเภสัชศาสตร์ ณ วิทยาเขตองครักษ์ เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2543