คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ก่อตั้งเมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2545 เป็นคณะแพทยศาสตร์ที่จัดตั้งขึ้นแห่งแรกในภาคตะวันออก เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคณะทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยบูรพา ซึ่งประกอบด้วยคณะแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ คณะสหเวชศาสตร์ คณะการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะสาธารณสุขศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์การกีฬา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ผ่านการรับรองหลักสูตรจากแพทยสภาแล้ว โดยมีความพร้อมในการจัดการเรียนการสอน การวิจัย และการบริการแก่สังคมและชุมชน