คณะกรรมการแพทยสภาเห็นชอบให้เปิดรับนิสิตแพทย์ รุ่นที่ 1 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2550 จำนวน 32 คน โดยคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา รับนักเรียนที่สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายที่มีภูมิลำเนาอยู่ในเขตการศึกษาพื้นที่ 12 คือ ชลบุรี สมุทรปราการ นครนายก ฉะเชิงเทรา ระยอง จันทบุรี ตราด ปราจีนบุรี สระแก้ว ลพบุรี สระบุรี และ พระนครศรีอยุธยา ทั้งนี้มีจุดมุ่งหมายที่มุ่งเน้นการผลิตแพทย์ให้เหมาะสมต่อระบบบริการทางการแพทย์และสาธารณสุขของประเทศ

ในปีการศึกษา 2553 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา รับนักเรียนที่สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายที่มีภูมิลำเนาอยู่ใน 9 จังหวัดต่อไปนี้ ได้แก่ ชลบุรี สมุทรปราการ นครนายก ฉะเชิงเทรา ระยอง จันทบุรี ตราด ปราจีนบุรี สระแก้ว จำนวน 48 คน เข้าเป็นนิสิตแพทย์รุ่นที่ 4 โดยที่ นิสิตกลุ่มแรก จำนวน 32 คนจะไปศึกษาชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลสมเด็จพระบรมราชเทวี ณ ศรีราชา และกลุ่มที่ 2 อีก 16 คนจะไปศึกษาชั้นคลินิกที่ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศร โดยการเลือกสถานที่ศึกษาระดับคลินิก เป็นการตกลงกันเองระหว่างนิสิต

ตั้งแต่ปีการศึกษา 2557 เริ่มมีการเปิดรับนักเรียนที่มีภูมิลำเนาทั่วประเทศเข้าเป็นนิสิตแพทย์รุ่นที่ 7 โดยแบ่งการรับสมัครออกเป็น 2 โครงการ คือ1.โครงการผลิตแพทย์เพิ่ม (กระทรวงศึกษาธิการ) รับจากนักเรียนที่มีภูมิลำเนาอยู่ทั่วประเทศ จำนวนชั้นปีละ 32 คน2.โครงการผลิตแพทย์ชนบทเพิ่ม (กระทรวงสาธารณสุข) รับจากนักเรียนที่มีภูมิลำเนาอยู่ใน 6 จังหวัดภาคตะวันออก ประกอบด้วย ชลบุรี จันทบุรี ระยอง ตราด สระแก้ว และ ฉะเชิงเทรา จำนวน 16 คน โดยจัดการเรียนการสอนหมวดวิชาศึกษาทั่วไปหรือเตรียมแพทย์ Pre-medical (ชั้นปีที่1) และระดับพรีคลินิก:Preclinic (ชั้นปีที่ 2-3) ณ มหาวิทยาลัยบูรพา จ.ชลบุรี ในความร่วมมือกับคณาจารย์จากคณะแพทยศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะสหเวชศาสตร์ คณะสาธารณสุขศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ สภาบันภาษา ส่วนการเรียนในระดับคลินิก (ปี 4-6) นิสิตกลุ่มแรกจากทั่วประเทศจำนวน 32 คน ศึกษาระดับคลินิก ณ โรงพยาบาลสมเด็จพระบรมราชเทวี ณ ศรีราชา สภากาชาดไทย จ.ชลบุรี และนิสิตกลุ่มที่สอง (แพทย์ชนบท) ศึกษาระดับคลินิก ณ โรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศร จ.ปราจีนบุรี เพื่อให้สอดคล้องกับวัตถุประสงค์ของทั้งสองโครงการดังกล่าว ตั้งแต่ปีการศึกษา 2562 โครงการผลิตแพทย์เพิ่ม (กระทรวงการอุดมศึกษาฯ) ศึกษาระดับชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้า