ครอสคริปต์ จะใหัผู้ใช้งานสร้างไดรฟ์เสมือน (Virtual Drive) ขึ้นมาอย่างน้อยหนึ่งไดรฟ์ เพื่อใช้ในการเก็บข้อมูลที่ต้องการจะเข้ารหัส จากนั้นโปรแกรมจะให้เลือกขั้นตอนวิธีการเข้ารหัส (AES หรือ TwoFish) และกำหนดรหัสผ่าน โดยเมื่อสร้างไดรฟ์เสร็จครอสคริปต์จะทำการ mount ไดรฟ์นั้นให้สามารถใช้งานได้เหมือนกับไดรฟ์หลักเช่นไดรฟ์ C: เป็นต้น ในขณะที่ไดรฟ์ถูก mount อยู่ ในส่วนของการเขียนข้อมูล หากเราทำการคัดลอกข้อมูลใดๆ ไปใส่ในไดรฟ์ที่ mount ไว้ ข้อมูลจะถูกเข้ารหัสทันทีก่อนที่จะถูกเขียนลงไปในไดรฟ์นั้น ซึ่งเรียกกระบวนการทำงานแบบนี้ว่า on-the-fly encryption (OTFE) และในส่วนของการอ่านข้อมูล ข้อมูลจะถูกถอดรหัสออกมาก่อน ทำให้สามารถนำไปใช้เหมือนปกติ ถ้าหากเราทำการ unmount ไดรฟ์นี้ไปแล้ว ข้อมูลส่วนนั้นจะไม่มีใครสามารถนำมาใช้ได้จนกว่าจะมีการ mount ใหม่และใส่รหัสผ่านที่ถูกต้อง