ปัจจุบันประเทศไทย มีองค์กรคริสตจักรที่กรมการศาสนารับรองอยู่ 5 องค์กร[4] คือ

1. สภาประมุขแห่งบาทหลวงโรมันคาทอลิกแห่งประเทศไทย ปกครองคริสตจักรโรมันคาทอลิกในประเทศไทย
2. สภาคริสตจักรในประเทศไทย ปกครองคณะเพรสไบทีเรียน คณะคริสเตียนเชิร์ช (ดิสไซเปิลส์ออฟไครส์) คณะลูเทอแรนเชิร์ชออฟอเมริกา ในประเทศไทย เป็นต้น
3. สหกิจคริสเตียนแห่งประเทศไทย ปกครองคณะคริสเตียนแอนด์มิชชันนารีอไลแอนส์ คณะเวิร์ลด์ไวด์อีแวนเจไลเซชั่นครูเสด ในประเทศไทย เป็นต้น
4. มูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ ปกครองคริสตจักรแบปทิสต์ในประเทศไทย
5. มูลนิธิคริสตจักรวันเสาร์แห่งประเทศไทย ปกครองเซเวนต์เดย์แอดเวนทิสต์ในประเทศไทย

นอกจากนี้ยังมี

• สภาคริสตจักรลูเธอร์แรนในประเทศไทย[5] ปกครองมิชชันนารีลูเทอแรนสายที่มาจากสแกนดิเนเวีย
• มูลนิธิคริสต์ศาสนิกชนดั้งเดิมออร์โธดอกซ์ในประเทศไทย[6] ปกครองศาสนจักรออร์โธดอกซ์รัสเซียในประเทศไทย
• ศาสนจักรของพระเยซูคริสต์แห่งวิสุทธิชนยุคสุดท้าย ประเทศไทย ปกครองศาสนจักรของพระเยซูคริสต์แห่งวิสุทธิชนยุคสุดท้ายหรือมอรมอนในประเทศไทย