คริสโตเฟอร์เกิดเมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2467 (ค.ศ. 1924) ที่เมืองลีดส์ ประเทศอังกฤษ เป็นลูกคนที่สามและเป็นบุตรชายคนเล็กของ เจ. อาร์. อาร์. โทลคีน กับเอดิธ โทลคีน เขาได้เข้ารับการศึกษาที่ดรากอนสคูล (Dragon School) ในเมืองเชอร์เวล และต่อมาจึงเข้าโรงเรียนโอราโทรี (Oratory School) ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 เขาได้เข้าทำงานเป็นนักบินในกองทัพอากาศอังกฤษ ซึ่งก่อนหน้านั้นเขาได้เข้าศึกษาภาษาอังกฤษที่มหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด