ครูพิเศษจอมป่วน รีบอร์น!มีจุดแตกต่างระหว่างมังงะกับอนิเมะอยู่หลายจุดเช่น แต่งบางจุดของการ์ตูน โดยนำตอนๆหนึ่งมารวมกับอีกตอนหนึ่ง เช่นเบี้ยงกี้พบแรมโบ้ (คิดว่าเป็นโรเมโอ) ที่โรงเรียน ลดจำนวนตอน เอาฉากที่เป็นฉากวาบหวิวออก หรืออาวุธเช่น ปืนของรีบอร์นในมังงะนั้นเป็นของจริง แต่อนิเมะใช้เลออนแปลงเป็นปืน เวลาโดนยิงไม่มีเลือดพุ่งเหมือนมังงะ และยังมีอีกหลายจุดเช่นระเบิดของโกคุเดระที่จุดขึ้นเอง แทนที่ใช้บุหรี่จุด บาซูก้าทศวรรษที่ต้องเอาตัวเข้าไป แทนที่จะยิง อาจจะเป็นเพราะเพื่อให้เหมาะสมสำหรับเยาวชน และให้เนื้อเรื่องกระชับ