คลองคูเมืองธนบุรีฝั่งตะวันตกมีชื่อเรียกต่างๆ ตามช่วงที่มีคลองสายอื่นตัดผ่าน [4] ดังนี้

• คลองวัดโมลีโลกย์ หรือ คลองวัดท้ายตลาด ตั้งแต่ปากคลองทิศใต้ถึงคลองวัดอรุณ
• คลองบ้านหม้อ ตั้งแต่คลองวัดอรุณจนถึงคลองมอญ
• คลองบ้านขมิ้น ตั้งแต่คลองมอญถึงคลองวัดระฆัง
• คลองบ้านช่างหล่อ ตั้งแต่คลองวัดระฆังถึงบริเวณโรงพยาบาลศิริราช
• คลองบ้านเนิน บริเวณปากคลองด้านทิศเหนือ