คลองเจดีย์บูชาเป็นคลองที่ถูกขุดขึ้นตั้งแต่ สมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เมื่อครั้งโปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยุรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) เป็นแม่กองปฏิสังขรณ์พระปฐมเจดีย์ ได้โปรดฯให้ขุดคลองจากแม่น้ำเมืองนครชัยศรี เข้าไปจนถึงบริเวณพระปฐมเจดีย์เพื่อความสะดวกในการคมนาคมและการไปนมัสการพระปฐมเจดีย์ โดยเริ่มขุด ในปี พ.ศ.2401 ปากคลองอยู่ท้ายบ้านท่านา ปลายคลองจดพระปฐมเจดีย์นั้น พระราชทานนามว่า คลองเจดีย์บูชา เมื่อวันศุกร์ เดือน 5 ขึ้น 12 ค่ำ ปีมะเมีย นพศก ตรงกับพ.ศ.2401[1]เหตุที่พระราชทานชื่อนี้ เพราะได้ทรงบริจาคพระราชทรัพย์ 600 ชั่ง จ้างชาวจีนให้ขุดชคลองขึ้นต่อมาสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยุรวงศ์ถึงแก่พิราลัย ขณะที่การยังค้างอยู่ จึงโปรดให้เจ้าพระยาทิพากรวงศ์มหาโกษาธิบดี (ขำ บุนนาค) ดำเนินการต่อจนแล้วเสร็จในปี พ.ศ.2405[2]ลำคลองเจดีย์บูชา กว้างราวๆ 15-20 เมตร ยาว 12 กิโลเมตร ปลายคลองด้านตะวันตกไหลจากตัวเมืองไปออกคลองวังตะกู และคลองทัพหลวง ซึ่งใช้เป็นเส้นทางต่อไปยังแม่น้ำแม่กลองที่จังหวัดราชบุรี และกาญจนบุรีได้[3] ส่วนด้านตะวันออก ลำคลองไหลผ่านตามความยาวของพื้นที่เทศบาลนครนครปฐม โดยผ่านเข้ามาทางด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ผ่านหน้าวัดพระงาม ตลาดนครปฐม ลอดกำแพงองค์พระปฐมเจดีย์ หักออกนอกเขตเทศบาล ต่อกับห้วยจระเข้ และตัดตรงไปจดแม่น้ำท่าจีนที่บ้านตลาดต้นสน ตำบลท่านา อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม[4]คลองเจดีย์บูชาได้ถูกใช้เป็นเส้นทางคมนาคมที่สำคัญมากตลอดรัชสมัยรัชกาลที่ 4 ถึงกับให้สร้างพระราชวังปฐมนครขึ้นเพื่อประทับแรม[5] นอกจากนี้ในสมัยรัชกาลที่ 5 ก็ได้เสด็จประพาสพระปฐมเจดีย์ผ่านทางคลองนี้อีกด้วย ในปัจจุบันคลองเจดีย์บูชาไม่ได้ถูกใช้งานเป็นเส้นทางสัญจรแล้ว