สำหรับที่มาของชื่อคลองแสนแสบนั้น มีข้อสันนิษฐานดังนี้

1. ว่ากันว่าชื่อคลองที่เรียกว่า "แสนแสบ" นั้นเพราะยุงชุม โดยมีหลักฐานจากบันทึกการเดินทางของนักสำรวจชาวอังกฤษชื่อนาย ดี.โอ. คิง ความว่า "...คลองนี้ยาวถึง 55 ไมล์ เชื่อมนครกรุงเทพฯ กับแม่น้ำบางปะกง บริเวณที่ราบชนบท... คนพื้นเมืองเป็นคนเชื้อสายมาเลย์... ไม่ว่าพวกเขาจะทำอะไรอยู่ก็ตาม มือข้างหนึ่งจะต้องใช้ปัดยุงเสมอ ..."
2. เป็นคำที่ยืมมาจากภาษาเขมรว่า "แสสาบ" เพราะในสมัยหนึ่งคนไทยเคยเรียกทะเลว่า "เส" หรือ "แส" ส่วนคำว่า "สาบ" เป็นภาษาเขมรแปลว่า "จืด" คำนี้คนไทยยืมมาใช้เรียกทะเลน้ำจืดว่า "ทะเลสาบ" อย่างที่ใช้กันอยู่ในปัจจุบัน ดังนั้น "แสสาบ" หรือที่แปลว่าทะเลน้ำจืด อาจถูกนำมาใช้เรียกคลองน้ำจืดอันกว้างและยาวแห่งนี้ แล้วเพี้ยนเสียงกลายมาเป็น "แสนแสบ" ตามกาลเวลาที่ผ่านไป ประกอบกับในช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ไทยได้กวาดต้อนเชลยศึกชาวเขมรมาตั้งบ้านเรือนอยู่ที่ย่านบางกะปิเป็นจำนวนมาก ชาวเขมรจึงอาจเรียกคลองที่ไหลผ่านแหล่งชุมชนของตนด้วยภาษาเขมร แล้วเพี้ยนมาเป็นแสนแสบดังที่กล่าวไปแล้ว
3. "แสนแสบ" น่าจะเพี้ยนมาจากคำมลายู "เซนแญป" เป็นชื่อเรียกขานของชาวมุสลิมที่ถูกกวาดต้อนมาจากหัวเมืองภาคใต้ สมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ และมาตั้งบ้านเรือนแถบวัดชนะสงคราม กระทั่งสมัยรัชกาลที่ 3 เมื่อขุดคลองแล้วเสร็จและเสร็จศึกจึงให้มาอยู่ตามแนวคลองนั้น และเนื่องจากเคยอาศัยอยู่ริมคลองใกล้ทะเล กระแสน้ำแรง เมื่อมาอยู่ริมคลองที่น้ำไหลช้า ค่อนข้างนิ่ง จึงเรียกคลองนี้ว่า "สุไหงแซนแญบ" หรือคลองที่เงียบสงบ โดยสุไหงแปลว่าคลองหรือแม่น้ำ และแซนแญบหมายถึงเงียบสงบ ต่อมาจึงเรียกเพี้ยนกันไปเป็นแสนแสบ...............

จากหนังสืออานามสยามยุทธ พิมพ์โดยสำนักพิมพ์ โฆษิต หน้า ๓๔๒ เขียนโดย ก.ศ.ร.กุหลาบ จากบันทึกของเจ้าพระยาบดินทรเดชา(สิงห์ สิงหเสนี) แม่ทัพไทยที่ไปบัญชาการรบในเขมร ระบุว่า

[1] [2][3]