คลอไฟเบรตสามารถเหนี่ยวนำให้เกิดกลุ่มอาการที่มีการหลั่งฮอร์โมนที่เกี่ยวเนื่องกับการขับปัสสาวะเสียสมุดุล (Syndrome of inappropriate antidiuretic hormone secretion; SIADH) ซึ่งเกิดจากการที่ร่างกายมีระดับฮอร์โมนวาโสเพรสซิน (vasopressin) ในปริมาณมากกว่าปกติ ทำให้มีการดูดซึมน้ำกลับมากขึ้น ปัสสาวะจะเข้มขึ้นขึ้น และโซเดียมในเลือดต่ำจากน้ำที่เกินกลับมาในกระแสเลือด นอกจากนี้แล้วคลอไฟเบรตยังมีผลทำให้เกิดการก่อตัวของนิ่วในถุงน้ำดีอีกด้วย. 

ในการศึกษาผลของการลดระดับคอเลสเตอรอลในกระแสเลือดของคลอไฟเบรตต่อการเป็นการป้องกันปฐมภูมิ (Primary Prevention) ต่อการเกิดโรคกล้ามเนื้อหัวใจขาดเลือด (Ischaemic Heart Disease) ที่ดำเนินการศึกษาโดยภาคีความร่วมมือแห่งองค์การอนามันโลก (The World Health Organization Cooperative Trial) พบว่ากลุ่มผู้ป่วยที่ได้รับการรักษาด้วยคลอไฟเบรตมีอุบัติการณ์การเสียชีวิตสูงเป็นอย่างมากถึงแม้ว่าจะสามารถควบคุมระดับคอเลสเตอรอลให้อยู่ในระดับเป้าหมายได้ก็ตาม (ผู้ป่วยที่ได้รับคลอไฟเบรตมากกว่า 47% เสียชีวิตในระหว่างที่ได้รับการรักษาด้วยยาดังกล่าว และ 5% เสียชีวิตหลังจากรักษาด้วยคลอไฟเบรตจนเสร็จสิ้นแล้ว) ซึ่งการเสีบชีวิตในอัตราดังกล่าวถือเป็นสัดส่วนที่สูงกว่ากลุ่มควบคุมที่ไม่ได้รับการรักษาด้วยคลอไฟเบรต แต่สาเหตุของการเสียชีวิตในกลุ่มผู้ป่วยที่ได้รับคลอไฟเบรตนั้นค่อนข้างมีความหลากหลาย และส่วนใหญ่มักเสียชีวิตจากสาเหตุอื่นที่ไม่ใช่โรคหัวใจ และยังไม่สามารถสรุปได้ถึงความสัมพันธ์ที่แน่ชัดระหว่างคลอไฟเบรตกับอุบัติการณ์การเสียชีวติที่สูงเช่นนี้ได้ [1]

คลอไฟเบรตถูกเพิกถอนออกจากตลาดในปี ค.ศ. 2012 เนื่องจากยาดังกล่าวก่อให้เกิดอาการข้างเคียงที่รุนแรง