ม้าลายควากกา (อังกฤษ: Quagga; ชื่อวิทยาศาสตร์: Equus quagga quagga) เป็นชนิดย่อยของม้าลายธรรมดา (E. quagga) ชนิดหนึ่ง แต่เดิม เคยถูกเข้าใจว่าเป็น ชนิดแยกของม้าลายมีลวดลายและลักษณะที่จำแนกได้เด่นชัดที่สุดในบรรดาม้าลายทั้งหมด เพราะมีลายเฉพาะบริเวณส่วนหัวไล่ลงมาถึงต้นคอเท่านั้น จากนั้นจะจางลงจนเกือบขาวที่บริเวณขา และขนตามลำตัวเป็นสีน้ำตาลอมแดงมีความยาวประมาณ 257 ซม. (8 ฟุต 5 นิ้ว) ความสูง 125–135 ซม. (4 ฟุต 1 นิ้ว - 4 ฟุต 5 นิ้ว) ในอดีตม้าลายควากกา อาศัยอยู่ในทุ่งหญ้ากึ่งแห้งแล้งร่วมกับสัตว์อื่น ๆ ในแอฟริกาใต้ ม้าลายควากกาอยู่รวมเป็นฝูงละ 30- 50 ตัว มีนิสัยเชื่องกว่าม้าลายธรรมดาและสามารถฝึกใช้งานได้ โดยชาวไร่บางคนเลี้ยงมันไว้เฝ้าไร่และช่วยเฝ้าฝูงปศุสัตว์ เนื่องจากควากกามีนิสัยหวงถิ่นคล้ายหมา เมื่อชาวเนเธอร์แลนด์เข้ามาตั้งรกรากในแอฟริกาใต้ และได้ล่าสัตว์ชนิดต่าง ๆ เป็นจำนวนมาก ม้าลายควากกามีขนสวยงาม และอ่อนนุ่มกว่าม้าลายชนิดอื่น ๆ จึงกลายเป็นเป้าหมายของนักล่า ม้าลายควากกาถูกฆ่าเป็นจำนวนมาก เพื่อนำเนื้อมาเป็นอาหาร และใช้หนังเพื่อทำกระเป๋า ม้าลายควากกาตัวสุดท้ายในป่า ถูกยิงตายในปี ค.ศ. 1878 ส่วนม้าลายควากกาตัวสุดท้ายของโลก ตายที่สวนสัตว์อัมสเตอร์ดัม ประเทศเนเธอร์แลนด์ เมื่อวันที่ 12 สิงหาคม ค.ศ. 1883หลังจากม้าลายควากกาสูญพันธุ์ไปได้ร้อยกว่าปี ได้มีการทดลองสกัดดีเอ็นเอ จากหนังของมัน ในปี ค.ศ. 1984 และทำได้สำเร็จ โดยเป็นสัตว์สูญพันธุ์ชนิดแรกที่นักวิทยาศาสตร์สกัด ดีเอ็นเอได้และการศึกษาจากดีเอ็นเอนี้เอง ที่ทำให้พบว่าควากกาเป็นชนิดย่อยของม้าลายธรรมดา จึงมีการเริ่มโครงการควากกา (Project Quagga) เพื่อเพาะพันธุ์พวกมันขึ้นมาอีกครั้ง โดยการนำม้าลายธรรมดาชนิดย่อยต่างๆ มาผสมกันและคัดพวกลูกม้าที่มีลายน้อย นำมาผสมกันต่อไปเป็นทอด จนกว่าได้ลูกม้าลายที่ลักษณะใกล้เคียงควากกาปัจจุบัน โครงการดังกล่าว สามารถเพาะพันธุ์ม้าลายที่มีลักษณะคล้ายควากกาได้เกือบสองร้อยตัว และเริ่มนำพวกมันปล่อยสู่ธรรมชาติในเขตสงวนหลายแห่งของแอฟริกาใต้ ซึ่งนี่อาจเป็นอีกความหวังหนึ่ง ที่จะนำสัตว์ที่สูญพันธุ์ให้กลับคืนมาอีกครั้ง[2][3]