ความผิดปกติของคอเป็นสาเหตุหลักของการปวดคอ คอเป็นโครงสร้างที่ทำหน้าที่หลากหลายแต่ก็รับความเค้นสูง สาเหตุหลักๆ ของอาการปวดคอ (และอาการปวดบริเวณอื่นที่เกี่ยวข้อง เช่น การปวดที่ลามมาที่แขน) ได้แก่

• อาการปวดคอ (Whiplash) จากความเครียดของกล้ามเนื้อหรือการบาดเจ็บของเนื้อเยื่ออ่อนอื่นๆ
• หมอนรองกระดูกสันหลังเคลื่อน (Cervical herniated disc)
• การตีบของสันหลังส่วนคอ (Cervical spinal stenosis)
• กระดูกข้อต่ออักเสบ (Osteoarthritis)
• อาการปวดเนื่องจากหลอดเลือด เช่น การกัดเซาะของหลอดเลือดแดง (arterial dissections) หรือภาวะหลอดเลือดดำคอชั้นในมีลิ่มเลือด (internal jugular vein thrombosis)