คอกระดูกเชิงกายวิภาคของกระดูกต้นแขน (อังกฤษ: anatomical neck of the humerus) เป็นส่วนของกระดูกต้นแขน อยู่ในแนวเฉียง เกิดเป็นมุมป้านกับส่วนกลางของกระดูก จะเห็นได้เด่นชัดที่สุดทางครึ่งล่างของเส้นรอบคอกระดูก ครึ่งบนของคอกระดูกจะเห็นเป็นร่องแคบๆ ที่แยกระหว่างส่วนหัวกระดูกและปุ่มกระดูกคอกระดูกนี้เป็นที่ยึดเกาะของแคปซูลข้อต่อของข้อต่อไหล่ และยังมีช่องสำหรับหลอดเลือดเข้ามาเลี้ยงอีกมากมาย