ต่อเนื่องจากเกมในภาคที่แล้ว ที่มีซื่อว่า คอมมานด์ แอนด์ คองเคอร์ : เรดอเลิร์ท ที่วางจำหน่ายก่อนหน้านี้ ในภาคนี้ ได้ยิบจุดจบของเกมส์ในเนื้อเรื่องส่วนพันธมิตร โดยมีการอภิปรายในปี 1972 ว่า กลุ่มกองทัพสหรัฐ ได้ประกาศมาว่า มีกลุ่มสหภาพโซเวียต ได้ทำการบุกเข้ามา โดยใช้เครื่องบิน และเรือเดินสมุทรกองกำลังสะเทินน้ำสะเทินบกและพลร่มที่เข้ามาทั้งฝั่งตะวันออกและฝั่งตะวันตก ผู้เล่นจะต้องขับไล่ออกไป และไปบุกสหภาพโซเวียตคืนด้วย