คอเลสติพอลอาจก่อให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์ได้ ดังแสดงต่อไปนี้:[2]

• ไม่สบายท้อง, คลื่นไส้, อาเจียน และโดยเฉพาะอย่างยิ่งภาวะท้องผูก ซึ่งเป็นอาการไม่พึงประสงค์ที่เกิดขึ้นได้บ่อยในผู้ที่รับประทานคอเลสติพอล แต่โดยส่วนใหญ่แล้วมักมีอาการไม่รุนแรง
• ระดับไขมันไลโปโปรตีนที่มีความหนาแน่นต่ำมาก (Very low-density lipoprotein cholesterol; VLDL-C) และไตรกลีเซอไรด์ (Triglyceride) เพิ่มขึ้น

อย่างไรก็ดี ทั่วไปแล้วคอเลสติพอลไม่มีผลต่อระดับไตรกลีเซอไรด์[4][7] แต่ในผู้ป่วยบางรายอาจมีระดับไตรกลีเซอไรด์ที่เพิ่มสูงขึ้นได้[4] จึงไม่ควรใช้คอเลสตอพอลเดี่ยวๆในการรักษาผู้ที่มีระดับไตรกลีเซอรไรด์ในกระแสเลือดสูง[12]