แม้ว่าในอดีต ภาษาญี่ปุ่นจำเป็นต้องเขียนด้วยอักษรจีน แต่ในปัจจุบันก็มีความแตกต่างระหว่างอักษรคันจิของญี่ปุ่นและอักษรจีนอย่างมาก ตัวอย่างเช่น ตัวอักษรที่ญี่ปุ่นประดิษฐ์ขึ้นเอง ตัวอักษรเดียวกันแต่มีความหมายภาษาจีนและภาษาญี่ปุ่นต่างกัน และการย่ออักษรคันจิที่เรียกว่า ชินจิไท (新字体, 新字體 Shinjitai) หลังสงครามโลกครั้งที่สอง

โคะคุจิ

โคะคุจิ (ญี่ปุ่น: 国字 โรมาจิ: Kokuji) อันแปลว่า ตัวอักษรแห่งชาตินั้น หมายถึง ตัวอักษรคันจิที่ประดิษฐ์ขึ้นในญี่ปุ่น หรือ "วะเซคันจิ" (ญี่ปุ่น: 和製漢字 โรมาจิ: Wasei kanji) อักษรโคะคุจิมีอยู่หลายร้อยตัว แต่ใช้กันบ่อยๆเพียงไม่กี่ตัว ตัวอย่างของอักษรโคะคุจิที่ใช้กันทั่วไปมีดังต่อไปนี้

• 峠 (とうげ tōge) แปลว่า สันเขา
• 榊 (さかき sakaki) แปลว่า ต้นไทรด่าง
• 畑 (はたけ hatake) แปลว่า ทุ่ง, ไร่
• 辻 (つじ tsuji) แปลว่า ถนน, ทางแยก
• 働 (どう dō, はたら(く) hatara(ku)) แปลว่า งาน, ทำงาน
• 腺 (せん sen) แปลว่า ต่อม (ตัวอักษรตัวนี้ได้นำไปเผยแพร่ในประเทศจีนด้วย)

คกคุน

คกคุน (ญี่ปุ่น: 国訓 โรมาจิ: Kokkun) หมายถึง ตัวอักษรจีน ที่ชาวญี่ปุ่นให้ความหมายภาษาญี่ปุ่นต่างไปจากความหมายดั้งเดิมในภาษาจีน ตัวอย่างเช่น

• 藤 ภาษาญี่ปุ่น: fuji, ฟุจิ แปลว่า ต้นวิสเทอเรีย แต่ ภาษาจีนกลาง: téng, เติ๋ง แปลว่า หวาย, อ้อย
• 沖 ภาษาญี่ปุ่น: oki, โอะคิ แปลว่า ห่างจากชายฝั่ง แต่ ภาษาจีนกลาง: chōng, ชง แปลว่า ชำระล้าง
• 椿 ภาษาญี่ปุ่น: tsubaki, สึบะกิ แปลว่า ดอกคาเมลเลีย แต่ ภาษาจีนกลาง: chūn, ชุน แปลว่า ต้นไม้แห่งสวรรค์ (Ailanthus, ต้นไม้วงศ์มะยมป่า)