อาร์ชดยุกคาร์ลทรงประทับอยู่ที่เมืองซาลส์บูร์กตั้งแต่ปีพ.ศ. 2524 วันที่31 มกราคม พ.ศ. 2536 พระองค์ทรงอภิเษกสมรสกับบารอนเนสฟรานเซสก้า แห่งทิสเซน-บอร์เนอมิสซา ซึ่งเป็นพระธิดาองค์เดียวในบารอนฮันส์ เฮ็นริค แห่งทิสเซน-บอร์เนอมิสซาและพระชายาองค์ที่ 2 ฟีโอน่า แคมป์เปล วอล์เตอร์ ซึ่งเป็นนางแบบชื่อดังของอังกฤษในยุคปี1950s และ 1960s ทั้งสองพระองค์ทรงเข้าพิธีอภิเษกสมรส ณ มหาวิหารมาเรียเซลล์บาซิลิก้า เมืองสตีเรีย ประเทศออสเตรีย

ทั้งสองพระองค์มีพระราชธิดา 2พระองค์ และพระราชโอรส 1 พระองค์ ดังนี้

• อาร์ชดัชเชสเอลีนอร์ เจเลน่า มาเรีย เดล พิล่าร์ ไอโอน่าแห่งออสเตรีย ประสูติเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537

• อาร์ชดยุกแฟร์ดีนันด์ โซโวนีเมียร์ มาเรีย บาร์ลธัส เคียธ ไมเคิล ออทโท แอนตัล แบนัม ลีโอนาร์ดแห่งออสเตรีย ประสูติเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2540 ทรงเป็นรัชทยาทอันดับ 2 ของราชบัลลังก์อิมพีเรียลออสเตรีย-ฮังการี ในราชสกุลฮาพส์บวร์ค-ลอร์เรน (Habsburg-Lorraine)

• อาร์ชดัชเชสกลอเรีย มาเรีย บ๊อกดาน่า พาโลม่า เรจิน่า ฟีโอน่า กาเบรียลล่าแห่งออสเตรีย ประสูติเมื่อวันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2542