คาร์ล ลินเนียส เกิดที่หมู่บ้านรอชัลต์ ในจังหวัดสมอลันด์ ซึ่งตั้งอยู่ทางตอนใต้ของประเทศสวีเดน เมื่อวัยเยาว์ เขาถูกสอนให้ดำเนินรอยตามพ่อ คือเป็นครูสอนศาสนา แต่เขาก็ไม่สนใจเท่าใดนัก ต่อมาเมื่อเจริญวัยขึ้น ได้ไปศึกษายังมหาวิทยาลัยลุนด์ เขาได้จัดทำสวนพฤกษศาสตร์ แต่ก็มีอุปสรรค จนเขาต้องไปศึกษายังมหาวิทยาลัยอุปซอลา

ในตอนแรกก็ลำบากทางการเงินมาก แต่ต่อมาก็ตั้งตัวได้ โดยการอุปการะของโอลอฟ เซลเซียส (Olof Celsius)ต่อมา คาร์ลได้อ่านหนังสือชื่อ Sermo de Structura Florum ของเซบาสเตียง แวยองต์ (Sébastien Vaillant) นักพฤกษศาสตร์ชาวฝรั่งเศส จนได้ความคิดเกี่ยวกับการจำแนกเพศของพืช ในปี พ.ศ. 2272 เขาได้เขียนบทความในเรื่องนี้ จึงถูกทาบทามให้เป็นอาจารย์วิชาพฤกษศาสตร์ในมหาวิทยาลัยอุปซอลา