ปีสตาร์เซนจูรี่ 0328 ณ ดาวเคราะห์ไอเนอาส เป็นที่ตั้งของสำนักงานใหญ่ขององค์กรการค้าและศุลกากรจักรวาล (Galactic Organization of Trade and Tariffs) หรือ GOTT ซึ่งหน้าที่ปกป้องความเสมอภาคและสิทธิประโยชน์ของทุกคนบนจักรวาลภายใต้การควบคุมของสหพันธ์ดาวเคราะห์ เอแคลร์และลูมิแอร์ เจ้าหน้าที่ปฏิบัติการที่มีความสามารถพิเศษหรือ ES เมมเบอร์ (Encounter of Shadow-work Member) จะได้รับมอบหมายภารกิจจากหัวหน้าเอคลิปส์ ให้ไปปฏิบัติภารกิจต่าง ๆ

แต่ทว่าเมื่อพวกเธอได้ปฏิบัติงานไปเรื่อย ๆ ก็ได้พบกับความไม่ชอบมาพากลของ GOTT และความเอารัดเอาเปรียบของนูเวิ้ลส์ กลุ่มเผ่าพันธุ์มนุษย์โลกเชื้อสายบริสุทธิ์ ที่ควบคุมสหพันธ์ดาวเคราะห์เพื่อหาประโยชน์ใส่ตนเองเท่านั้น ในภารกิจที่ดาวเคราะห์อาวเร่ พวกเธอได้รับมอบหมายให้มาจัดการกับชาวพื้นเมืองบนดาวเคราะห์ที่เรียกร้องสิทธิการปกครองตนเองจากผู้ดูแลชาวนูเวิ้ลส์ แต่พวกเธอกลับทำการช่วยเหลือชาวพื้นเมืองจากวิธีจัดการอย่างโหดร้ายของผู้ดูแลชาวนูเวิ้ลส์ พวกเธอจึงถูกตามล่าในฐานะคนทรยศจาก GOTT จนในที่สุดก็ต้องสูญเสียทั้งยานลามิวส์และหุ่นยนต์โดน่าชูรัคไป พวกเธอจึงตัดสินใจบุกสำนักงานใหญ่ GOTT และเข้าปะทะกับเหล่า ES เมมเบอร์คนอื่น ๆ ผลของการบุกครั้งนั้นได้ทำให้สำนักงานใหญ่ของ GOTT ถล่มและหัวหน้าเอคลิปส์เสียชีวิต

ต่อมาจึงมีการก่อตั้ง GOTT ขึ้นมาใหม่โดยมีเอแคลร์เป็นหัวหน้าชั่วคราว พร้อมทั้งจัดตั้งหน่วย ES เมมเบอร์ชุดใหม่ขึ้นมาหกคู่ แต่ในวันกล่าวสุนทรพจน์แนวปฏิบัติของ GOTT ที่จะเปลี่ยนเป็นจัดการกับผู้ต่อต้านอย่างเด็ดขาด ES เมมเบอร์ชุดใหม่คนหนึ่งกลับมีปฏิกิริยาต่อต้านและคู่ของเธอเองก็ไม่ได้อยู่ภายใต้การควบคุมตามคำสั่งด้วยเช่นกัน พร้อมกับมีการปรากฏตัวของสาวปริศนาสองคนเข้ามาขัดขวางพิธีการ หัวหน้าชั่วคราวเอแคลร์และลูมิแอร์จึงสั่งให้เจ้าหน้าที่ของ GOTT และ ES เมมเบอร์ชุดใหม่ออกตามล่าสองสาวปริศนานั้น

ระหว่างการตามล่าเข้าไปในป่าที่มีคลื่นแม่เหล็กทำให้หุ่นยนต์ของ GOTT เกิดอาการรวนและหันกลับมาโจมตีใส่พวกเดียวกัน คู่ ES เมมเบอร์ชุดใหม่ที่ไม่ได้อยู่ภายใต้การควบคุมตามคำสั่งจึงเข้าช่วยเหลือผู้คนที่กำลังถูกโจมตี เมื่อหัวหน้าชั่วคราวเอแคลร์และลูมิแอร์เห็นว่าพวกเธอไม่อยู่ในการควบคุมจึงสั่ง ES เมมเบอร์ชุดใหม่ที่เหลือกำจัดทิ้ง ตอนนั้นเองสองสาวปริศนาได้ปรากฏตัวขึ้นและช่วยเหล่า ES เมมเบอร์ชุดใหม่หลุดจากการควบคุมทั้งหมด ซึ่งทำให้ทราบว่าเหล่า ES เมมเบอร์ชุดใหม่นั้นเป็นร่างเลียนแบบของเอแคลร์และลูมิแอร์ สองสาวปริศนานั้นคือเอแคลร์กับลูมิแอร์ตัวจริงที่เปลี่ยนร่างใหม่ ส่วนหัวหน้าชั่วคราวเอแคลร์และลูมิแอร์แท้จริงแล้วคืออาลูฟท์และโดเวลก์ ซึ่งเป็นหนึ่งใน ES เมมเบอร์ของ GOTT ที่ระหว่างเหตุการณ์บุกสำนักงานใหญ่ GOTT ได้จัดการเอแคลร์กับลูมิแอร์ตัวจริงและปลอมตัวไปยิงเอคลิปส์เพื่อยึดอำนาจไว้คอยเวลาแก้แค้นพวกนูเวิ้ลส์

เมื่อความจริงเปิดเผยอาลูฟท์และโดเวลก์จึงเรียกยานของพวกตนออกมาไล่ล่า ขณะที่พวกของเอแคลร์และลูมิแอร์กำลังจนมุม ยานลามิวส์ได้ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับเอคลิปส์ที่รอดชีวิตด้วยความสามารถพิเศษของตนพร้อมกับช่วยเอแคลร์กับลูมิแอร์ออกมาจากสำนักงานใหญ่ GOTT อาลูฟท์และโดเวลก์จึงสั่งยานของพวกตนโจมตี แต่ยานลามิวส์ได้สะท้านกลับการโจมตีใส่อาลูฟท์และโดเวลก์จนชนะได้ในที่สุด ร่างเลียนแบบของเอแคลร์และลูมิแอร์แต่ละคู่ได้รับมอบยานแบบเดียวกับลามิวส์เพื่อออกเดินทางไปตามใจของตนเอง ส่วนเอแคลร์และลูมิแอร์ได้กลับเข้ามาทำงานที่ GOTT โดยมีเอคลิปส์เป็นหัวหน้าเช่นเดิม

หลังจากนั้นไม่นาน ได้มีกำหนดการปล่อยยานท่องอวกาศขนาดใหญ่ที่สุดเท่าที่มนุษย์สร้างมาชื่อดุกคาลีออน แต่เชอวาลิเย่ โดทริช ได้ชิงยึดไปเป็นของตนเองและทำการวาร์ปดุกคาลีออนมาที่ไอเนอาส ตอนนั้นอาลูฟท์และโดเวลก์ซึ่งรอดชีวิตมาจากการโจมตีครั้งก่อนจะเดินเข้ามายังหอควบคุมของดุกคาลีออน โดยอาลูฟท์หมายจะฆ่าเชอวาลิเย่แล้วยึดดุกคาลีออน แต่โดเวลก์ได้ห้ามไว้ว่าไม่จำเป็นจึงถูกอาลูฟท์ยิงบาดเจ็บ เชอวาลิเย่จึงจัดการส่งอาลูฟท์เข้าไปในรีเซพชั่น ซิสเต็ม แชมเบอร์ ซึ่งเป็นระบบแยกโมเลกุลและแปรเปลี่ยนเป็นพลังงานให้กับดุกคาลีออน

ต่อมาเอแคลร์และลูมิแอร์เข้ามาถึงหอควบคุมเพื่อทำการจับกุมเชอวาลิเย่ ซึ่งเชอวาลิเย่ได้รอคอยอยู่แล้วพร้อมกับบอกถึงจุดประสงค์ในสิ่งที่ตนทำลงไปนั้นก็เพื่อบอกเจตนาอันชั่วร้ายของพวกนูเวิ้ลส์ที่จะใช้ดุกคาลีออนพาพวกนูเวิ้ลส์กับโลกไปยังเขตจักรวาลอื่นและทำลายเครือข่ายวาร์ปเกททั้งหมด ซึ่งจะทำให้ระบบเศรษฐกิจของดาวเคราะห์ต่าง ๆ ปันป่วน โดยตนได้ส่งหลักฐานทั้งหมดเผยแพร่ผ่านทางระบบเครือข่ายทั่วจักรวาลแล้ว และอีกอย่างหนึ่งก็เพื่อช่วยเอแคลร์ซึ่งเคยเลี้ยงดูตนมาก่อนให้หลุดพ้นจากการที่ต้องทำงานให้กับพวกนูเวิ้ลส์มาโดยตลอด

แต่ในขณะที่กำลังพูด เชอวาลิเย่กลับถูกยิงจากระบบป้องกันของดุกคาลิออนจากฝีมือของอาลูฟท์ซึ่งตอนนี้ได้รวมเป็นหนึ่งเดียวกับดุกคาลีออน พร้อมกับวาร์ปไปยังบริเวณโลกและทำโจมตีใส่โลก เหล่าผู้คนต่าง ๆ จึงรวมพลังกันต่อสู้ แต่ดุกคาลิออนกลับแทบไม่สะทกสะท้านใด ๆ โดเวลก์จึงบอกว่าตอนนี้แม้อาลูฟท์จะรวมเป็นหนึ่งเดียวกับดุกคาลิออนแล้ว แต่ด้านซ้ายของเธอยังคงจำความไร้ความรู้สึกจากการถูกโจมตีเมื่อครั้งก่อนได้ เมื่อได้ยินดังนั้น ลูมิแอร์จึงส่งพลังที่ได้จากทั้งของตนและเอแคลร์เข้าควบคุมแขนซ้ายของดุกคาลิออนและยิงทำลายหอควบคุม ทำให้ดุกคาลิออนเริ่มเสียหายจนไม่สามารถซ่อมแซมตัวเองได้ทันและหยุดทำงานในที่สุด เหตุการณ์ได้ผ่านพ้นไป ชาวพื้นเมืองดาวเคราะห์ต่าง ๆ เริ่มมีสิทธิ์มีเสียงในสหพันธ์ดาวเคราะห์ ส่วนเอแคลร์และลูมิแอร์ยังคงต่อสู้ต่อไปเพื่อรักษาสิ่งที่มีชื่อว่าวันพรุ้งนี้