หมู่บ้านคิโยกาวะก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 30 กันยายน 1956 โดยการรวมกันของหมู่บ้านซูซูงายะและหมู่บ้านมิยางาเซะ การก่อสร้างเขื่อนมิยางาเซะเสร็จสมบูรณ์ในปี 1965 ทำให้หมู่บ้านมิยางาเซะเดิมจมอยู่ใต้น้ำ ส่งผลให้มีการย้ายถิ่นฐานของผู้อยู่อาศัยไปยังสถานที่อื่นภายในหมู่บ้านคิโยกาวะ และเมืองไอกาวะที่อยู่ใกล้เคียง