ฮิดดิงก์เริ่มผู้จัดการทีมกับเดอคราฟสคัปในปีเดียวกับที่เลิกเล่น ก่อนที่จะได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ช่วยผู้จัดการของเปเอสเฟ ไอนด์โฮเฟิน ในปี ค.ศ. 1984 และสืบทอดตำแหน่งผู้จัดการทีมต่อจาก ฮันส์ กราย ในอีก 2 ปีให้หลัง

ฮิดดิงก์ประสบความสำเร็จอย่างมากกับไอนด์โฮเฟิน โดยที่เขาสามารถนำทีมคว้าแชมป์ลีกดัตช์ 4 ปีซ้อนตั้งแต่ปี ค.ศ. 1986 รวมทั้งยังสร้างประวัติศาสตร์พาทีมคว้าทริปเปิลแชมป์ ทั้งยูโรเปียนคัพ, ลีกดัตช์ และฟุตบอลถ้วยในประเทศในปี ค.ศ. 1988 ด้วย และได้เป็นดับเบิลแชมป์ในปีถัดมาอีกด้วย

ในปี ค.ศ. 1990 ฮิดดิงก์ตัดสินใจไปหาความท้าทายใหม่ด้วยการเข้าคุมทีมเฟแนร์บาห์เชในตุรกี ก่อนที่จะย้ายไปสเปนในปีถัดมา และคุมทีมบาเลนเซีย เป็นเวลา 2 ปี หลังจากนั้นจึงผันตัวไปรับงานในระดับทีมชาติ

ในปี ค.ศ. 1995 ฮิดดิงก์ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมชาติเนเธอร์แลนด์ และนำพาทีมผ่านเข้าถึงรอบ 8 ทีมสุดท้ายของศึกยูโร 1996 ก่อนที่จะพ่ายแพ้ต่อฝรั่งเศสในการดวลลูกจุดโทษตัดสินอย่างน่าเสียดาย

ฮิดดิงก์นำทีมชาติเนเธอร์แลนด์เข้าไปเล่นฟุตบอลโลก 1998 รอบสุดท้ายที่ฝรั่งเศส และเอาชนะอาร์เจนตินาในรอบก่อนรองชนะเลิศ ด้วยลูกยิงสุดสวยของ แด็นนิส แบร์คกัมป์ แต่ต้องตกรอบเมื่อเป็นต้องดวลลูกจุดโทษอีกครั้งในการพบกับบราซิลในรอบรองชนะเลิศ ซึ่งในครั้งนี้เนเธอร์แลนด์ได้อันดับ 4

หลังจบศึกครั้งนี้ ฮิดดิงก์ตัดสินใจย้ายกลับไปคุมทีมในสเปนอีกครั้งกับเรอัลมาดริดโดยแทนที่ยุพพ์ ไฮน์เคิส โดยนำทีมคว้าแชมป์สโมสรโลก แต่ก็ถูกปลดในเดือนกุมภาพันธ์ 1999 หลังจากทำผลงานย่ำแย่ และถูกเรอัลเบติสปลดออกในปีถัดมาอีกด้วย

ในเดือนมกราคม ค.ศ. 2001 ฮิดดิงก์ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมชาติเกาหลีใต้ และนำทีมทะลุถึงรอบรองชนะเลิศฟุตบอลโลก 2002 โดยการเอาชนะทีมชั้นนำจากยุโรปทั้งโปรตุเกส, สเปน และอิตาลี ซึ่งถือเป็นผลงานที่ดีที่สุดของทีมจากเอเชียในการแข่งขันฟุตบอลโลกรอบสุดท้ายเลยทีเดียว ซึ่งในศึกครั้งนี้ เกาหลีใต้ได้อันดับ 4 เขาได้กลายเป็นคนแรกและคนเดียวที่ได้รับการแต่งตั้งเป็นพลเมืองกิตติมศักดิ์ของเกาหลีใต้

จากนั้น ฮิดดิงก์ก็กลับมาคุมทีมไอนด์โฮเฟินอีกครั้ง และนำทีมคว้าแชมป์ลีกในประเทศ 3 สมัยรวดตั้งแต่ปี ค.ศ. 2003 รวมทั้งแชมป์ดัตช์คัพในปี ค.ศ. 2005 และพาทีมทะลุเข้าถึงรอบรองชนะเลิศศึกยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ในปี ค.ศ. 2005 ก่อนแพ้ต่อเอ.ซี. มิลาน ด้วยกฎประตูทีมเยือน

หลังจากนั้นฮิดดิงก์ก็รับตำแหน่งผู้จัดการทีมชาติออสเตรเลีย ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2005 ขณะที่ยังคุมไอนด์โฮเฟินควบคู่กันไปด้วย และนำทีมผ่านเข้ารอบสุดท้ายฟุตบอลโลก 2006 ที่เยอรมนีได้สำเร็จ แต่ก็ต้องแพ้ต่ออิตาลีซึ่งได้แชมป์ไปด้วยประตู 0-1 ในรอบ 16 ทีมสุดท้าย

ฮิดดิงก์ตัดสินใจลาออกจากทั้ง 2 ตำแหน่งหลังจากพบศึกฟุตบอลโลกครั้งนี้เพื่อเข้าคุมทีมชาติรัสเซีย และนำทีมผ่านเข้าไปเล่นรอบสุดท้ายศึกยูโร 2008 โดยมีผลงานเด่นคือการอังกฤษ ตกรอบคัดเลือก

ซึ่งในศึกครั้งนี้ รัสเซียแพ้ต่อสเปนด้วยประตู 1-4 ในนัดเปิดสนาม แต่ฮิดดิงก์ก็นำทีมทะลุเข้าถึงรอบรองชนะเลิศอย่างพลิกความคาดหมาย แล้วก็ต้องมาแพ้ต่อสเปนอีกครั้งด้วยประตู 0-3 ก่อนที่สเปนจะได้แชมป์ไปในที่สุด

ในปีถัดมา ฮิดดิงก์ได้เป็นผู้จัดการทีมเชลซีเป็นระยะเวลาสั้น ๆ 4 เดือน หลังการปลดลูอิส เฟลีปี สโกลารี ออกจากตำแหน่ง และนำพาทีมคว้าแชมป์เอฟเอคัพมาครองได้สำเร็จ โดยเอาชนะเอฟเวอร์ตันในรอบชิงชนะเลิศ และจบฤดูกาลด้วยอันดับ 3 ในพรีเมียร์ลีก

ฮิดดิงก์ประสบความล้มเหลวไม่สามารถนำทีมชาติรัสเซียเข้ารอบสุดท้ายฟุตบอลโลก 2010 ได้ หลังแพ้สโลวีเนียด้วยกฎประตูทีมเยือนในการเล่นเพลย์ออฟ ทำให้เจ้าตัวตัดสินใจไม่ต่อสัญญาคุมทีมซึ่งจะหมดลงในวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 2010

ต่อมาฮิดดิงก์เข้ารับตำแหน่งผู้จัดการทีมชาติตุรกี โดยจะเริ่มงานตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม ค.ศ. 2010 ด้วยการทำสัญญา 4 ปี ฮิดดิงก์ทำผลงานได้ดีกับทีมชาติตุรกี โดยผลคุมทีมนัดแรกทำได้ดีด้วยการนำทีมชนะโรมาเนีย 2-0 ในนัดอุ่นเครื่องที่อิสตันบูล ซี่งหลังจากนั้นขาก็ทำผลงานดีมาตลอด แต่แล้วในรอบคัดเลือกยูโร 2012 ฮิดดิงก์ทำผลงานได้น่าผิดหวังด้วยการแพ้ให้กับโครเอเชีย 3-0 ในรอบเพลย์ออฟ ทำให้เขาถูกวิจารณ์อย่างหนักและตัดสินใจลาออกจากการเป็นผู้จัดการทีมของทีมชาติตุรกี

ในวันที่ 17 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2012 ฮิดดิงก์รับงานคุมทีมจากอันจีมาคัชคาล สโมสรฟุตบอลชื่อดังของรัสเซีย แล้วตกลงทำสัญญาคุมทีมเป็นเวลา 6 ปี[3] แต่ก็ลาออกจากตำแหน่งในปี ค.ศ. 2013

ในปลายปี ค.ศ. 2015 ฮิดดิงก์กลับมาเป็นผู้จัดการทีมเชลซี ในพรีเมียร์ลีกอีกครั้ง ซึ่งเป็นเวลาในช่วงครึ่งฤดูกาล หลังจากสโมสรได้ทำการปลดโชเซ มูรีนโย ออกจากตำแหน่ง เนื่องจากผลงานของทีมไม่ดี โดยฮิดดิงก์จะรับหน้าที่นี้ไปจนกระทั่งอย่างน้อยจบฤดูกาล[4]

ทั้งนี้ คืส ฮิดดิงก์ ได้ชื่อว่าเป็นผู้จัดการทีมที่คุมทีมประสบความสำเร็จมากคนหนึ่ง โดยเฉพาะผลงานในการแข่งขันฟุตบอลโลกกับเนเธอร์แลนด์และเกาหลีใต้