ปี พ.ศ. 1308 มีการสร้างเมืองขึ้นในบริเวณนี้ เมืองนี้ได้รับการตั้งชื่อว่า ถัวตง (Tuodong)

ราวศตวรรษที่ 13 มาร์โค โปโล ได้เดินทางมายังดินแดนแห่งนี้ และเขียนบันทึกบอกเล่าความประทับใจ ต่อมาเมืองนี้ถูกเปลี่ยนชื่อเป็น คุนหมิง โดยเหล่าชนชั้นปกครองชาวมองโกลแห่งราชวงศ์หยวนเมื่อปี พ.ศ. 1819

ราวศตวรรษที่ 14 คุนหมิงถูกยึดอำนาจกลับคืนโดยราชวงศ์หมิง และมีการสร้างกำแพงล้อมรอบส่วนที่เป็นเมืองในปัจจุบัน

ในศตวรรษที่ 20 คุนหมิงตกเป็นเป้าของการโจมตีจากกองทัพอากาศหลวงญี่ปุ่นเมื่อครั้งที่บุกจีนแผ่นดินใหญ่