คุโด้ ชินอิจิปรากฏในตอนต้นของเรื่องในฐานะนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายของโรงเรียนเทย์ตันในโตเกียว[12] เขามีพื้นฐานครอบครัวดี พื้นเพเป็นชาวเมืองเบกะ เป็นบุตรคนเดียวของครอบครัว บิดาคือคุโด้ ยูซากุ (ญี่ปุ่น: 工藤 優作 โรมาจิ: Kudō Yūsaku) เป็นนักเขียนนิยายชื่อดัง กับมารดาฟุจิมิเนะ ยูกิโกะ (ญี่ปุ่น: 藤峰 有希子 โรมาจิ: Fujimine Yukiko) นักแสดงหญิงที่มีชื่อเสียง[13] ชินอิจิมีชื่อเสียงในฐานะนักสืบหนุ่มผู้ไขคดีฆาตกรรมยาก ๆ ได้เป็นจำนวนมาก[14] เขามีความสนิทสนมอย่างยิ่งกับโมริ รันซึ่งเป็นทั้งเพื่อนร่วมชั้นและเพื่อนสมัยเด็ก

กระทั่งวันหนึ่งเขาได้พาโมริ รันไปเที่ยวสวนสนุกทรอปิคอลแลนด์ ณ ที่นั้นได้มีคดีฆาตกรรมบนรถไฟเหาะ หลังไขคดีเสร็จสิ้น ชินอิจิรู้สึกเฉลียวใจเกี่ยวกับชายชุดดำสองคนคือยินและว็อดก้าที่อยู่ในคดีฆาตกรรมเมื่อสักครู่นี้จึงแอบตามไปดูแล้วพบว่ามีการแลกเปลี่ยนสิ่งของบางอย่าง[15][16] ระหว่างที่ชินอิจิกำลังมองดูเหตุการณ์ดังกล่าว ยินซึ่งเป็นหนึ่งในชายชุดดำจึงเข้ามาทำร้ายชินอิจิจนสลบ และกรอกยาพิษอาโพท็อกซิน 4869 (APTX 4869)[4] หวังให้ชินอิจิถึงแก่ชีวิต[17] ทว่าผลของยาทำให้ร่างกายของเขาหดเล็กลง[18] เมื่อชินอิจิรู้สึกตัว จึงไปปรึกษากับอากาสะ ฮิโรชิ ซึ่งเป็นนักวิทยาศาสตร์ที่อาศัยอยู่ข้างบ้านของตน เมื่ออากาสะทราบความจากชินอิจิแล้ว จึงแนะนำว่าให้ปิดเรื่องที่ตัวหดเล็กลงเสียมิให้ใครรู้ เพราะถ้าใครรู้ผู้นั้นก็จะมีภัย แทบจะทันทีทันใด โมริ รันได้มาหาชินอิจิด้วยความเป็นห่วง เมื่อรันพบชินอิจิในร่างเด็กแล้วถามชื่อเข้า เขาเหลือบไปเป็นชั้นหนังสือนวนิยายด้านหลังซึ่งมีชื่อนักเขียนที่สันหนังสือคือเอโดงาวะ รัมโป และเซอร์อาร์เธอร์ โคนัน ดอยล์ จึงตอบส่ง ๆ ว่าเอโดงาว่า โคนัน เขาจึงเข้าไปอาศัยร่วมกับรันซึ่งมีบิดาเป็นนักสืบเอกชนชื่อโมริ โคโกโร่เพื่อสืบหาองค์กรชุดดำ โดยช่วยโมริไขคดีแบบให้คำแนะนำ ถ้าโมริหรือใครไขคดีตามการวิเคราะห์เหมือนตนก็จะปล่อยให้สืบสาวด้วยตนเอง แต่ถ้าเห็นว่าวุ่นวายเกินก็จะใช้ปืนยิงยาสลบยิงใส่ผู้อื่น แล้วใช้เครื่องเปลี่ยนเสียงรูปหูกระต่ายไขคดีแทน โดยมากเขาจะยิงยาสลบใส่โมริ โคโกโร่เพื่อไขคดี

เมื่อชินอิจิอยู่ในร่างเด็ก เขาเข้าเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ใหม่ เพื่อปกปิดตัวตน เขาได้รู้จักกับ โคจิมะ เก็นตะ, ซึบุรายะ มิซึฮิโกะ, และโยชิดะ อายูมิ จึงได้ก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชนขึ้น