เรื่องราวของคู่หูของผมเป็นลิงครับ เป็นเรื่องเกี่ยวกับเด็กผู้ชาย อดัม ไลออน และเพื่อนของเขาที่เป็นลิง เจค P. สไปเดอร์มังกี้ ในโรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วิน หรือ CDMS (Charles Darwin Middle School)

อดัมถูกส่งมายังโรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วินด้วยความผิดพลาดในนามสกุลของเขาเป็น Lion (สิงโต) จึงถูกส่งมาจากโรงเรียนมัธยมต้นเชสเตอร์อาร์เธอร์มายังโรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วิน ซึ่งเป็นโรงเรียนของสัตว์ (ซึ่งในภายหลังเปิดเผยว่าอาจารย์ใหญ่ของโรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วินก็ทราบเรื่องนี้ แต่ไม่ทำเรื่องส่งอดัมกลับเพราะกลัวถูกฟ้อง) ภายหลังจากการย้ายเข้ามา อดัมได้เป็นคู่ยิมกับเจค (ตามชื่อเรื่อง) และได้กลายเป็นเพื่อนกัน ซึ่งในแต่ละตอนอดัมต้องเผชิญหน้ากับวิชาเรียนของสัวต์ ไม่ว่าจะเป็นการล่าเหยื่อ, การสะกดรอย รวมทั้งเรื่องราวผ่านตัวละครสัตว์สายพันธุ์ต่างๆ

โรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วินเป็นโรงเรียนของสัตว์ ภาพรวมๆจึงเหมือนโรงเรียนของมนุษย์ แต่ภายในมีสภาพเหมือนกับป่า มีเถาวัลย์ให้โหน, มีแม่น้ำสำหรับปลาใหญ่ และท่อน้ำด้านบนสำหรับปลาเล็ก ส่วนภายนอกก็มีป้ายซึ่งจะเปลี่ยนข้อความไปในแต่ละครั้ง นอกจากโรงเรียนมัธยมต้นชาร์ลสดาร์วินแล้ว ในเรื่องยังมีโรงเรียนมัธยมปลายและโรงเรียนมัธยมต้นสำหรับพืชอีกด้วย