เอร์นันเดซ เกิดที่เมืองกวาดาลาฮารา รัฐฮาลิสโก เขาเริ่มเล่นในลีกสันทนาการเมื่อเขาอายุ 7 ปี พ่อของเขาชื่อ ฆาบิเอร์ เอร์นันเดซ กูติเอร์เรซ ซึ่งเป็นนักฟุตบอลทีมชาติเม็กซิโกตำแหน่งกองหน้าตัวเป้า พ่อของเขาพูดว่า เขาไม่คิดว่าลูกชายของเขาจะสามารถเล่นในระดับอาชีพได้ เอร์นันเดซได้ร่วมสโมสรเซเดกวาดาลาฮารา เมื่ออายุ 9 ปี โดยเซ็นสัญญาระดับอาชีพเมื่อเขาอายุ 15 ปี[3] ในปี ค.ศ. 2005 เขาร่วมลงแข่งฟุตบอลโลกเยาวชนอายุไม่เกิน 17 ปี แต่เขาเกิดบาดเจ็บ ไม่ได้ลงเล่นในฐานะทีมผู้ชนะเลิศ[4]