ท่านผู้หญิงจงกล กิตติขจร ถึงแก่อนิจกรรมในวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2555 เวลา 17.30 น. ที่โรงพยาบาลบำรุงราษฎร์ ด้วยโรคหัวใจล้มเหลว สิริอายุได้ 98 ปี[2]

พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ไปในการพระราชทานเพลิงศพ ท่านผู้หญิงจงกล กิตติขจร ม.ป.ช., ม.ว.ม., ท.จ.ว., ภ.ป.ร. 2 ณ เมรุหลวงหน้าพลับพลาอิศริยาภรณ์ วัดเทพศิรินทราวาส เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพมหานคร เมื่อวันอาทิตย์ที่ 9 กุมภาพันธ์ 2557 เวลา 17.09 น.[3]