ในการเลือกตั้งปี พ.ศ. 2544 ได้เข้าร่วมงานการเมืองกับพรรคชาติไทย โดยลงสมัครรับเลือกตั้งเป็น ส.ส.ระบบบัญชีรายชื่อ คนที่ 6 ของพรรค และได้รับเลือกตั้งเข้ามาเป็นคนสุดท้าย นอกจากดำรงตำแหน่ง ส.ส.บัญชีรายชื่อ น.ส.จณิสตา ยังดำรงตำแหน่ง โฆษกพรรคชาติไทย อีกตำแหน่งหนึ่งด้วย

ในการเลือกตั้งทั่วไปปี พ.ศ. 2548 น.ส.จณิสตา ได้เปลี่ยนมาลงสมัคร ส.ส.เขต ในพื้นที่เขตดอนเมือง แทนที่ นายการุณ โหสกุล ซึ่งเป็นสมาชิกสภากรุงเทพมหานคร (สก.) ของพรรคชาติไทย ที่ย้ายไปสังกัดพรรคไทยรักไทยอย่างกะทันหัน และลงเลือกตั้งในเขตดอนเมือง แข่งกับพรรคชาติไทย ซึ่งผลการเลือกตั้งในครั้งนั้น น.ส.จณิสตา ได้รับการเลือกตั้งเป็น ส.ส.เขตดอนเมือง และเป็น ส.ส.เพียงคนเดียวของพรรคชาติไทยที่ชนะการเลือกตั้งในกรุงเทพมหานคร ต่อมาในกลางปี พ.ศ. 2550 มีข่าวลือว่า นายบรรหาร ศิลปอาชา หัวหน้าพรรคชาติไทยไม่พอใจในพฤติกรรมของ น.ส.จณิสตา ถึงขนาดจะตัดสิทธิ ไม่ให้ลงเลือกตั้งในคราวหน้า พร้อมกับมีข่าวว่า น.ส.จณิสตา จะย้ายไปสังกัดพรรคประชาธิปัตย์ แต่ต่อมาทั้ง นายบรรหาร น.ส.จณิสตา และทางพรรคประชาธิปัตย์ ได้แถลงว่าทั้งหมดเป็นเพียงข่าวปล่อยที่ไม่เป็นความจริง[4][5]

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในประเทศไทย พ.ศ. 2550 ได้ลงสมัคร ส.ส.กรุงเทพมหานคร เขต 5 (บางเขน สายไหม ดอนเมือง) สังกัดพรรคพรรคชาติไทยอีกครั้ง แต่ไม่ได้รับเลือก จากนั้นในปี พ.ศ. 2551 ถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี เนื่องจากเป็นกรรมการบริหารพรรคชาติไทย[6]