ต่อมาสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ มีการจัดตั้งกรมขึ้นสองกรม ได้แก่ กรมมหาดไทย ซึ่งดูแลกิจการพลเรือน โดยมีสมุหนายกเป็นอัครเสนาบดีดูแล และกรมกลาโหม ซึ่งดูแลกิจการทหาร โดยมีสมุหพระกลาโหมดูแล จตุสดมภ์นั้นให้มาขึ้นกับกรมมหาดไทย แล้วมีการเปลี่ยนชื่อและเพิ่มหน้าที่[5]

1. กรมเวียง เปลี่ยนชื่อเป็น กรมพระนครบาล มีพระยายมราชเป็นเสนาบดี ทำหน้าที่ปราบปรามโจรผู้ร้าย รักษาความสงบเรียบร้อยภายในราชอาณาจักร ดับเพลิงในพระนคร และตัดสินคดีความร้ายแรง
2. กรมวัง เปลี่ยนชื่อเป็น กรมธรรมาธิกรณ์ มีพระยาธรรมาศรีสุริยวงศ์อัครมหาอุดมบรมวงษาธิบดี หรือพระยาธรรมาธิบดีเป็นเสนาบดี ทำหน้าที่ดูแลงานในพระราชสำนัก งานธุรการ ตัดสินคดีความ และแต่งตั้งยกกระบัตรไปดูแลหัวเมืองต่างๆ
3. กรมคลัง เปลี่ยนชื่อเป็น กรมโกษาธิบดี มีพระยาศรีธรรมราชเดชาชาติอำมาตยานุชาติพิพัทรัตนราชโกษาธิบดี หรือเรียกสั้นว่า พระยาโกษาธิบดี เป็นเสนาบดี ทำหน้าที่เกี่ยวกับพระราชทรัพย์ การค้ากับต่างประเทศ บัญชีวัสดุและอาวุธของราชการ พระคลังหลวง การรับรองทูตต่างประเทศ และการตัดสินคดีความของคนต่างชาติ
4. กรมนา เปลี่ยนชื่อเป็น กรมเกษตราธิการ มีพระยาพลเทพราชเสนาบดีเป็นเสนาบดี ทำหน้าที่ตรวจตราและส่งเสริมการทำนา เก็บข้าวไว้เป็นเสบียงยามสงคราม ตัดสินคดีความเกี่ยวกับที่นา ออกกรรมสิทธิ์ที่นาแก่ราษฎร

นอกจากนี้ ในภายหลังยังเพิ่มกรมให้ขึ้นอยู่กับกรมทั้งสี่นี้ด้วย