บิดาของแฮนเดิลชื่อเกออร์ค เฮ็นเดิล เกิดเมื่อปี ค.ศ. 1622 เป็นศัลยแพทย์และช่างโกนหนวด นับถือนิกายลูเทอแรน และกลายเป็นพ่อหม้ายเมื่อปี ค.ศ. 1682 เขาแต่งงานในปีต่อมากับโดโรเทอา เทาสท์ บุตรีของปาสเตอร์ที่อ่อนกว่าเขาหลายปี จอร์จ ฟริดริก เป็นบุตรชายคนโตของทั้งสอง และมีน้องสาวอีกสองคน

บิดาใฝ่ฝันให้แฮนเดิลประกอบอาชีพทางด้านกฎหมาย แม้ว่าเขาจะแสดงให้เห็นถึงความสามารถโดดเด่นเกินวัยทางดนตรีก็ตาม พ่อไม่ยอมให้แฮนเดิลเรียนดนตรี กับนักจัดแสดงดนตรีชื่อฟริดริก วิลเฮล์ม ซาโชว ผู้ซึ่งได้ถ่ายทอดความรู้ทางดนตรีให้แก่แฮนเดิลอย่างสมบูรณ์แบบ เขาหัดเล่นฮาร์ปซิคอร์ด ออร์แกน ไวโอลิน และโอโบ เขาเริ่มประพันธ์เพลงสำหรับเครื่องดนตรีและสำหรับขับร้องตั้งแต่วัยเยาว์ ในปี ค.ศ. 1697 ขณะพำนักอยู่ที่นครเบอร์ลิน เขามีโอกาสได้พบกับกษัตริย์แห่งปรัสเซีย แต่เขาก็กลับมาที่เมืองฮัลเลอตามคำขอของบิดา ผู้ซึ่งเสียชีวิตเพียงสี่วันก่อนที่เขาจะเดินทางกลับถึงบ้าน เพื่อแสดงความเคารพต่อบิดา เขาก็ได้เขารับการศึกษาในสถาบันแห่งหนึ่ง พร้อมไปกับการเล่นดนตรี ราวปี ค.ศ. 1702 เขาได้รับตำแหน่งในมหาวิหารเมืองฮัลเลอ ในฐานะผู้จัดการแสดง และได้มีโอกาสผูกมิตรกับเกออร์ค ฟิลลิพ เทเลอมัน