มีบันทึกว่าดยุคแห่งแคลเรนซ์มีภาวะหวาดระแวง เขาบอกตัวเองว่าภรรยาของตนถูกแองแกเรตต์ ทวีนโฮผู้เป็นข้ารับใช้วางยาพิษ เธอถูกนำตัวขึ้นศาลที่วอริค เธอถูกตัดสินให้มีความผิดโดยคณะลูกขุนที่ถูกดยุคแห่งแคลเรนซ์ควบคุมและถูกจับแขวนคอ มีบันทึกว่าดยุคแห่งแคลเรนซ์ได้ปล่อยข่าวลือว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเป็นบุตรนอกสมรสที่เกิดจากการสมรสอันผิดกฎหมายของดัชเชสเซซิลีแห่งยอร์กกับพลธนูเบลย์บอร์น และมีบันทึกว่าเขาคาใจเรื่องความสมบูรณ์ทางกฎหมายในการสมรสของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดกับพระราชินีเอลิซาเบธ วูดวิลล์

กษัตริย์ผู้เป็นพี่ชายได้ทำการเตือนน้องชายด้วยการกล่าวหาจอห์น สแตซีย์ คนในครัวเรือนของดยุคแห่งแคลเรนซ์ว่าใช้อาคมมนตร์ดำจนถูกตัดสินให้ประหารชีวิต ดยุคแห่งแคลเรนซ์ได้ปรากฏตัวที่ห้องประชุมสภาในเวสต์มินสเตอร์และยืนกรานให้นักบวชอ่านคำตัดสินว่าสแตซีย์ไม่มีความผิด เชื่อกันว่าเขาเป็นผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังการลุกฮือในเคมบริดจ์เชอร์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่หมดความอดทนและถูกโน้มน้าวจนเชื่อว่าดยุคแห่งแคลเรนซ์หมายตาบัลลังก์ของพระองค์ได้กล่าวหาน้องชายของตนว่าทำตัวอยู่เหนือกฎหมายจากกรณีแขวนคอแองแกเรตต์ ทวีนโฮ จึงมีพระบัญชาให้จับกุมตัวดยุคและส่งตัวไปจองจำที่หอคอยแห่งลอนดอนด้วยข้อหาทรยศต่อประเทศ

ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1478 กษัตริย์พิจารณาคดีการจับกุมน้องชายต่อหน้าสภานิติบัญญัติ ทั้งสองสภาของสภานิติบัญญัติผ่านร่างกฎหมายริบทรัพย์ของผู้ก่อกบฏและมีคำตัดสินให้ประหารชีวิตดยุคแห่งแคลเรนซ์ในวันที่ 7 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1478 ทว่าการประหารชีวิตเกิดขึ้นอย่างลับๆ ในหอคอยแห่งลอนดอนในวันที่ 18 กุมภาพันธ์ ขณะดยุคแห่งแคลเรนซ์มีอายุได้ 28 ปี ร่างของเขาถูกส่งไปวิหารทูว์กส์บรีเพื่อฝังเคียงข้างอิซาเบล เนวิลล์ผู้เป็นภรรยา ต่อมาร่างของเขาได้ถูกขุดขึ้นมาและพบว่าไม่มีร่องรอยของการตัดหัวซึ่งเป็นวิธีการทั่วไปที่ใช้ในการประหารชีวิตขุนนางในยุคนั้น จึงเกิดเรื่องเล่าว่าการประหารชีวิตของเขาถูกจัดขึ้นในหอคอยโบวเยอร์ด้วยการจับกดในถังมาล์มซีย์ไวน์

เอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งวอริค บุตรชายของดยุคแห่งแคลเรนซ์ ด้วยมีสายเลือดใกล้ชิดกับบัลลังก์จึงถูกพระเจ้าเฮนรีที่ 7 จับขังไว้ในหอคอยแห่งลอนดอนและถูกประหารชีวิตในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1499 ด้วยข้อหาทรยศ มาร์กาเร็ต เคาน์เตสแห่งซอลส์บรี ธิดาของดยุคแห่งแคลเรนซ์ซึ่งเป็นแพลนแทเจเนตคนสุดท้ายถูกพระเจ้าเฮนรีที่ 8 ประหารชีวิตในวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 1541 เช่นเดียวกับเฮนรี โพล บารอนมอนตากู บุตรชายคนโตของเธอ