ซูซาเกิดที่เมืองวอชิงตัน ดี.ซี. เป็นบุตรของจอห์น อันโตนิโอ ซูซา (John Antonio Sousa) กับ มาเรีย อลิซาเบ็ธ ทริงค์ฮัส (Maria Elisabeth Trinkhaus) บิดามารดาของซูซาได้อพยพมาจากโปรตุเกส และแคว้นบาวาเรีย ประเทศเยอรมนี ซูซาเริ่มเล่นไวโอลินเมื่ออายุ 6 ปี ถือเป็นเครื่องดนตรีอย่างแรกที่ซูซาเล่น เมื่อซูซาอายุ 13 ปี บิดาซึ่งเป็นสมาชิกวงดุริยางค์นาวิกโยธินได้ส่งซูซาไปเข้ากองนาวิกโยธินเป็นเวลาเจ็ดปี และระหว่างนั้นซูซาได้ศึกษาการดนตรีมาโดยตลอด

ต่อมาในวันที่ 30 ธันวาคม 1879 ซูซาได้แต่งงานกับเจน ฟาน มิทท์เลทวอธ เบลิส (Jane van Middlesworth Bellis; 1862 -1944) เมื่ออายุได้ 25 ปี มีบุตรธิดาทั้งหมด 3 คน คือ

1. จอห์น ฟิลิป ซูซา จูเนียร์ (John Philip Sousa Jr.; 1 เมษายน 1881 – 18 พฤษภาคม 1937)
2. เจน พริสซิลลา ซูซา (Jane Priscilla Sousa; 7 สิงหาคม 1882 – 28 ตุลาคม 1958)
3. เฮเลน ซูซา (Helen Sousa; 21 มกราคม 1887 – 14 ตุลาคม 1975)

ซูซาถึงแก่กรรมอย่างสงบในวันที่ 6 มีนาคม 1932 เมื่อเวลาประมาณ 1:30 น. เมื่ออายุได้ 77 ปี ที่โรงแรมอับราฮัม ลินคอล์น ศพของซูซาได้รับการฝังที่สุสานรัฐสภา (Congressional Cemetery) วอชิงตัน ดี.ซี.