เมื่อเวลาประมาณ 19.10 นาฬิกา ของวันที่ 19 ตุลาคม พ.ศ. 2556 ตำรวจสถานีมีนบุรี ได้รับแจ้งเหตุคนร้ายลอบยิงจักรกฤษณ์ขณะอยู่ในรถยนต์ปอร์เช่ บ็อกซเตอร์สีดำ โดยเกิดเหตุที่หน้าวัดบำเพ็ญใต้ ถนนรามคำแหง เขตมีนบุรี จนบาดเจ็บสาหัส ซึ่งกระสุนได้เข้าบริเวณหน้าอก และจักรกฤษณ์ได้รับการนำตัวส่งโรงพยาบาลเสรีรักษ์ ก่อนที่เขาจะทนพิษบาดแผลไม่ไหว และเสียชีวิตในเวลาต่อมา[6]

จักรกฤษณ์มีข่าวขัดแย้งกับคนในครอบครัว กระทั่งภรรยาแจ้งความกับทางตำรวจและมูลนิธิปวีณาฯ จนจักรกฤษณ์ถูกคุมขังอยู่ในเรือนจำทหาร ก่อนที่จะได้รับการปล่อยตัวชั่วคราว จากนั้นได้มีการแจ้งจับภรรยาตัวเองว่าลักทรัพย์ในตู้เซฟ ก่อนจะมีการไกล่เกลี่ยขอคืนดีกับภรรยาโดยมีปวีณา หงสกุล รมว.พัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ให้การช่วยเหลือ[6]